求助gromacs中top文件不能输出的问题

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发布时间: 2020-6-21 11:10

各位老师好。请问gromacs的top文件怎么创建？我用了sob老师推荐的在线创建网站，http://swissparam.ch，创建出来的文件名称没有top格式，然后又用了http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/，发现有top文件了，用editcon ...

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小蜗 发表于 Post on 2020-6-22 14:00:54

sobereva 发表于 2020-6-21 16:27
不要用那么老gmx版本，很多用法和最新版不同，别人帮你的时候也费劲，网上查相关资料也和往往你的情况不符
...

好的好的~我的版本是4.5.5，跟好多视频上的指令确实不同~我会换个版本的谢谢老师~现在已经到了能量最小化的一步了

sobereva 发表于 Post on 2020-6-21 16:27:12

不要用那么老gmx版本，很多用法和最新版不同，别人帮你的时候也费劲，网上查相关资料也和往往你的情况不符
editconf本来就不是这么用的，支持什么选项输入gmx editconf -h一看便知，最新版gmx的手册里也有各个命令的使用介绍。

小蜗 发表于 Post on 2020-6-21 12:30:38

liuyuje714 发表于 2020-6-21 12:09
editconf本来就没有这些选项，你命令用错了。如果是蛋白，应该先用pdb2gmx

我的不是蛋白质是有机分子那我该用什么命令呢~

liuyuje714 发表于 Post on 2020-6-21 12:09:18

editconf本来就没有这些选项，你命令用错了。如果是蛋白，应该先用pdb2gmx

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