计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 模拟离子液体和有机小分子体系nvt过程的warning

模拟离子液体和有机小分子体系nvt过程的warning

查看数: 10865 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

sungl123456

发布时间: 2020-6-22 16:33

正文摘要:

本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-23 11:12 编辑老师们好，我在模拟[OMIM][BF4]离子液体和乙醇/乙酸乙酯这个混合物的液体分子盒子时，进行NVT过程时报出的这个warning，我不敢屏蔽掉这个warning于是采用了它说 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-6-30 21:47:40

sungl123456 发表于 2020-6-30 14:44
好的，老师，不过不加constraints=h-bonds会不会使得体系不对氢键做计算，从而导致结构松散呢；另外我这 ...

想多了
你完全误解了constraints=h-bonds的含义

sungl123456 发表于 Post on 2020-6-30 14:44:45

sobereva 发表于 2020-6-29 21:13
主要就是把LINCS约束的阈值设宽松了，但这样可能伴随着危险，比如结构出现不合理扭曲之类的。为稳妥起见 ...

好的，老师，不过不加constraints=h-bonds会不会使得体系不对氢键做计算，从而导致结构松散呢；另外我这个体系要对计算结果中的氢键做分析，是不是对氢键的约束还是有必要加上

sobereva 发表于 Post on 2020-6-29 21:13:42

sungl123456 发表于 2020-6-29 09:54
老师好，我最终在mdp文件的结尾加上如下关键词，warning消失。不过部分关键词的意思我不是很明白，想请问 ...

主要就是把LINCS约束的阈值设宽松了，但这样可能伴随着危险，比如结构出现不合理扭曲之类的。为稳妥起见，如果你对于计算耗时不是特别关注，我更建议你不用约束，而把步长设小为1 fs。

sungl123456 发表于 Post on 2020-6-29 09:54:16

本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-29 10:06 编辑

sobereva 发表于 2020-6-23 12:45
我暂时没时间看
你先跑纯物质的盒子，这样便于检查。纯物质没问题了再跑混合体系的。

老师好，我最终在mdp文件的结尾加上如下关键词，warning消失。不过部分关键词的意思我不是很明白，想请问老师这些关键词哪些会影响计算精度和计算时间之类的。

verlet-buffer-tolerance = 0.0001
shake_tol = 0.00001
lincs_order = 4
lincs_warnangle = 30
morse = no
lincs_iter = 2
另外，在计算开始后，会显示BLG is now turning on when benificial.请问老师这个显示的话会影响精度么

sobereva 发表于 Post on 2020-6-23 12:45:57

sungl123456 发表于 2020-6-23 11:14
老师我把所有的输入文件上传了，我的top文件是对比之前做过的模拟写的，昨天到今天对部分输入文件做了修 ...

我暂时没时间看
你先跑纯物质的盒子，这样便于检查。纯物质没问题了再跑混合体系的。

sungl123456 发表于 Post on 2020-6-23 11:14:12

本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-23 11:16 编辑

sobereva 发表于 2020-6-22 17:00
感觉你的top文件本身就有问题，检查字段的合理性

老师我把所有的输入文件上传了，我的top文件是对比之前做过的模拟写的，昨天到今天对部分输入文件做了修改但是warning不变

sobereva 发表于 Post on 2020-6-22 17:00:31

感觉你的top文件本身就有问题，检查字段的合理性

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register