求助Gromacs中无法给原子指定电荷的问题

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发布时间: 2020-6-22 21:36

在我使用OBGMX上的UFF全原子力场生成top文件的时候，发现得到的top文件中原子电荷一栏全部为0，但是实际上我的分子是一个带2个正电的体系，请问如何正确地指定电荷量？

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liushu 发表于 Post on 2021-8-11 10:19:05

请问可不可以分享一下葫芦脲的pdb类结构文件(*╹▽╹*)

sobereva 发表于 Post on 2020-6-23 12:50:06

zhangzh 发表于 2020-6-23 01:18
再请教一下，itp文件中的原子和高斯输出的原子顺序好像不太一样，有什么对应的方法吗？就是知道哪个原子 ...

拿产生拓扑文件的工具处理后得到的结构文件算电荷，肯定顺序和itp一致

zhangzh 发表于 Post on 2020-6-23 01:18:39

sobereva 发表于 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷，写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷，原文里虽然用QEq但对静电作 ...

再请教一下，itp文件中的原子和高斯输出的原子顺序好像不太一样，有什么对应的方法吗？就是知道哪个原子在哪里

zhangzh 发表于 Post on 2020-6-23 01:15:17

sobereva 发表于 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷，写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷，原文里虽然用QEq但对静电作 ...

非常感谢，那我试一下

sobereva 发表于 Post on 2020-6-23 00:35:59

自己算原子电荷，写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷，原文里虽然用QEq但对静电作用描述其实很渣。一般来说，用Multiwfn算的RESP电荷可以用。

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