求助，使用gromacs模拟小分子跑成螺旋形状。

查看数: 9934 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2020-6-23 14:26

本帖最后由明园于 2020-6-23 18:04 编辑卢老师，您好，我们从SEM上看出体系自组装是会有螺旋的，但是每次做完nvt和npt平衡后，体系变化很大，md以后也很不好看跑的。我们怀疑mdp文件出现了错误，能不能麻烦卢 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-6-24 16:36:31

图1过于理想化了，看你当前的分子结构，想跑成精确的那样不可能。你目前得到的结果很合理

明园 发表于 Post on 2020-6-23 18:05:14

本帖最后由明园于 2020-6-23 18:08 编辑

sobereva 发表于 2020-6-23 17:21
我不知道你在什么环境下模拟的，真空还是溶剂，没结构文件没法说更多
别一开始就在常温gen_vel，本来分子 ...

谢谢卢老师，感谢您，我上传了整个初始体系，辛苦老师看一下
我是在溶剂十烷的体系下进行模拟的。

sobereva 发表于 Post on 2020-6-23 17:21:08

我不知道你在什么环境下模拟的，真空还是溶剂，没结构文件没法说更多
别一开始就在常温gen_vel，本来分子间作用就弱，还初速度这么大，维持住那么理想的形态并不容易。整个模拟尽量用低温
不要用完全多余的all-bonds

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register