npt模拟疑问

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发布时间: 2015-9-26 19:30

各位大侠好，最近使用lammps做一些相平衡问题。首先使用的是分子动力学的方法，先对初始构型进行最小化及nvt到较高温度，然后再使用npt在指定温度压力下对系统进行平衡。遇到的问题如下：文献中提到npt可以使体系沿z ...

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chittyda 发表于 Post on 2015-9-26 21:08:45

fhh2626 发表于 2015-9-26 21:02
我比较熟悉NAMD，但是所有MD的软件都可以实现的。

三个边界都是周期性边界，并不影响XY横截面面积保持 ...

你好，能稍微详细说下你在namd中如何实现的吗？我也希望能学习一下受点启发！（namd中有命令可以固定region的横截面对吧？）

fhh2626 发表于 Post on 2015-9-26 21:02:14

chittyda 发表于 2015-9-26 20:25
你好，这位大侠，请问你是通过什么实现的？gromacs吗？

我比较熟悉NAMD，但是所有MD的软件都可以实现的。

三个边界都是周期性边界，并不影响XY横截面面积保持不变

chittyda 发表于 Post on 2015-9-26 20:27:48

fhh2626 发表于 2015-9-26 19:56
没用过lammps，但我想如果要到你图中这个效果，用的应该是NP(z)T系综，也就是说XY平面的边长是fix住的，只 ...

我之前还考虑过直接使边界x y设置成fix，但似乎这样也不对，因为所有的文献都说x,y,z边界都是周期边界的。我再去查查fix的相关命令，多谢大侠！！！

chittyda 发表于 Post on 2015-9-26 20:25:25

fhh2626 发表于 2015-9-26 19:56
没用过lammps，但我想如果要到你图中这个效果，用的应该是NP(z)T系综，也就是说XY平面的边长是fix住的，只 ...

你好，这位大侠，请问你是通过什么实现的？gromacs吗？

fhh2626 发表于 Post on 2015-9-26 19:56:15

没用过lammps，但我想如果要到你图中这个效果，用的应该是NP(z)T系综，也就是说XY平面的边长是fix住的，只有Z轴的长度可以变化，并且在Z轴上施加了1atm的压力

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