系综平衡时需要对水施加位置约束吗

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发布时间: 2020-6-23 14:36

大佬们，我现在在做钙调细胞，但是我发现前辈的在top文件里面加入了对水的位置约束，但我从手册里学到的是只对大蛋白质分子进行约束在进行npt和nvt平衡，所以这是为什么啊。体系很简单，就是在水里加入钙调细胞还 ...

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one.piece 发表于 Post on 2020-6-24 14:53:37

sobereva 发表于 2020-6-23 17:24
你要弄清楚什么叫预处理指令

感谢老师，一下全理清了

one.piece 发表于 Post on 2020-6-24 14:53:08

liuyuje714 发表于 2020-6-23 16:01
这个限制部分实际上并没有使用，除非在mdp中定义define = -DPOSRES_WATER。所以默认没有用

非常清楚，我顿悟了，感谢感谢

fhh2626 发表于 Post on 2020-6-23 21:38:52

几乎所有的主流分子动力学软件都可以

sobereva 发表于 Post on 2020-6-23 17:24:44

你要弄清楚什么叫预处理指令

liuyuje714 发表于 Post on 2020-6-23 16:01:42

这个限制部分实际上并没有使用，除非在mdp中定义define = -DPOSRES_WATER。所以默认没有用

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