求助磷酸根发生较大扭曲-gaff2

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发布时间: 2020-6-25 10:15

我用amber里面的gaff2力场跑含有磷酸钙这样的体系，结果发现磷酸根发生较大扭曲，如图中所示，请问这是什么原因导致的呢，下面是参数文件，谢谢。 MD simulation &cntrl imin=0, &nb ...

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SiqiLee 发表于 Post on 2024-12-12 10:30:34

xinlanyh 发表于 2024-9-28 20:48
似乎amber在处理磷酸根的相关的体系就是有问题的，我是把原子类型，电荷和参数按amber力场里DNA的相关参数 ...

效果怎样呢？有数据或文献支撑嘛？主要是怕不合理被审稿人问

AiYuqing22 发表于 Post on 2024-9-30 22:20:57

zhanglingyu 发表于 2024-9-26 15:54
您好，有磷酸根的力场文件和pdb文件吗？可以发我一份吗？

可以找找文献。我是用MS画结构，然后用高斯优化，再用Multiwfn得到GAFF力场和RESP电荷的。

xinlanyh 发表于 Post on 2024-9-28 20:48:43

似乎amber在处理磷酸根的相关的体系就是有问题的，我是把原子类型，电荷和参数按amber力场里DNA的相关参数改动了。

zhanglingyu 发表于 Post on 2024-9-26 15:59:35

您好，您有磷酸根的力场文件和pdb文件吗，可以发我一份吗？

zhanglingyu 发表于 Post on 2024-9-26 15:54:35

AiYuqing22 发表于 2023-6-30 16:34
你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没 ...

您好，有磷酸根的力场文件和pdb文件吗？可以发我一份吗？

slxc920113 发表于 Post on 2023-6-30 17:39:37

AiYuqing22 发表于 2023-6-30 16:34
你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没 ...

GAFf2默认的O-P-O键角不合适吧，改成109.5°试试呢

AiYuqing22 发表于 Post on 2023-6-30 16:34:00

你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没有想到其他原因了。

sobereva 发表于 Post on 2020-11-1 13:17:43

起码靠GAFF是足矣描述磷酸根的，之前用acpype产生磷酸根的拓扑文件在GROMACS里跑得很好
应当自行检查原子类型、指认的力场参数，确保无误

努力向上的boy 发表于 Post on 2020-10-29 19:13:08

您好。请问您这个问题解决了吗

chw985550192 发表于 Post on 2020-6-25 18:28:20

还有一个问题就是amber里面怎么导入OH呢，谢谢

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