sobereva 发表于 2020-7-25 00:04 好的sober老师 |
华理小妮 发表于 2020-7-24 22:26 不代表ORCA就一定适合大体系 ORCA的振动分析不仅慢，而且容易出虚频，而且溶剂模型做得没有Gaussian成熟稳健 计算步骤和使用Gaussian没有什么本质差异 |
sobereva 发表于 2020-7-24 07:49 sober老师，小分子的话可以用Gaussian来计算结合自由能，但是体系大的话是不是需要用ORCA这种软件来计算，老师这边有用orca软件计算结合自由能的帖子吗，想学一下。 |
sobereva 发表于 2020-7-24 07:49 好的，谢谢sober老师。 |
华理小妮 发表于 2020-7-23 11:01 从精度上说，用量子化学程序（不仅限于Gaussian）来做更理想，也更容易。 二聚体的最稳定构型可以通过本文方式很容易地搜索： genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html 或 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532） 之后按照下文计算二聚体和单体自由能，求差即可 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） |
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sober老师，这个热力学角度算结合能的时候，为了更加贴近真实情况你建议用Gaussian来做结合能呢，还是gromacs来做，有必要这两种都做一下嘛，另外从分子动力学角度的话用的gromacs， GAFF力场RESP2电荷。想问问您的建议。谢谢 |
| 试试Gromacs + Plumed用Well-tempered Metadynamics跑。这个模拟的CV很好定义，一个分子间质心距离，一个是分子间的取向 |
华理小妮 发表于 2020-6-27 18:39 只要发生双分子化学反应（除非是无势垒的），肯定先要形成弱相互作用复合物，这是众所周知的事情。如果连形成复合物的几率都非常小，反应的速率就必然更是非常小了。 但也应当注意微观和宏观的差异性，模拟微观情况时可能很难出现的过程，在宏观尺度上由于体系尺寸、时间尺度都大得多得多，并非一定宏观上难以发生。比如冰结冰就是。 |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 2 | 我很赞同 |
华理小妮 发表于 2020-6-28 12:12 是 |
sobereva 发表于 2020-6-27 18:04 sober老师，如果我想知道A B两个分子在氯仿溶液中能否自发的形成复合物的话，是不是可以分两步走，从热力学角度考虑，就是算一下结合能，看结合能是否是负值，如果是负值则说明能够自发的形成复合物，如果不是负值则没办法自发的形成复合物 从动力学角度，就是跑一下动力学，看看实际情况下有溶剂参与的情况下能否自发的形成复合物 |
sobereva 发表于 2020-6-27 18:04 好的，谢谢sober老师，您说的很有道理。 另外有个问题想听听您的建议，我做的是非共价分子印迹聚合物方面的工作，在聚合的时候有一个条件必须要得到就是用到的模板分子和功能单体一定要先通过非共价键的方式（主要是氢键）结合形成复合物，之前我们没有考虑用分子模拟的手段去分析这个复合物形成的合理性，现在一分析不要紧，发现通过非共价键形成复合物的几率很小，并且就算形成复合物复合物的稳定性也不好，如果这个结果准确的话，会推翻非常多的现在已经发表过的非共价分子印迹方面的文章呢。 |
华理小妮 发表于 2020-6-27 14:00 不是增加分子的能量，而是低温下热运动、溶剂碰撞的影响会相对较弱，相对较强的分子间作用对二聚体的稳定化效果更容易被展现出来。 在我来看M$那种东西算这个很不适合，除了又贵又慢又不灵活以外，由于过程太傻瓜化，很多对结果有关键性影响的东西（比如原子电荷的合理性等）容易被用户忽视，导致模拟结果其实不合理但用户可能都意识不到。 |
喵星大佬 发表于 2020-6-27 01:40 谢谢您的回复，我的溶剂是氯仿，您说的很有道理，因为我用Gaussian算过这两个分子结合的结合自由能ΔG，发现这个ΔG虽然是负值但是负值很大为-0.12849Kcal.mol, 如果将Gaussian的结果和分子动力学的结果相结合可不可以说明实际情况下这两个分子结合不成复合物。 我之所这么关注这两个分子是否形成复合物，是因为我做的非共价分子印迹聚合物在聚合的时候有一个条件必须要得到就是用到的模板分子和功能单体一定要先形成复合物，之前我们没有考虑用分子模拟的手段去分析这个复合物形成的合理性，现在一分析不要紧，发现形成复合物的几率很小，这样真的可以推翻很多这样的文章 |
sobereva 发表于 2020-6-27 00:34 sober老师我用的溶剂是氯仿，如果将温度设定在4摄氏度下，并且保证溶剂分子占的比重小一点的话，增加这两个分子的量能形成复合物吗。 我现在正在学着用garomacs,因为MS 的forcite模块用起来比较简单，我想先用这个简单操作的看一下具不具备做的可能性，然后在用forcite. |
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