求助ATB生成拓扑文件的问题

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发布时间: 2020-6-26 14:23

我在使用ATB生成甲醇的拓扑文件时，提示这个分子已经在数据库中存在了，然后给我提供了这些分子的结构信息，但是我发现并没有下载top文件的地方，请问如何用ATB网站生成拓扑文件呢 ATB网站显示的分子信息

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sobereva 发表于 Post on 2021-9-8 03:35:28

xxzj 发表于 2021-9-7 10:43
老师，发生ATB联合原子力场生成的pdb文件中有的氢原子缺少，可以手动自己给添加上之后再进行动力学模拟吗 ...

那不叫缺少，本来联合原子力场就是不明确地考虑非极性氢，是力场本来的特征

xxzj 发表于 Post on 2021-9-7 10:43:42

sobereva 发表于 2020-6-29 21:05
本身GROMOS就是联合原子力场，显然就应当用联合原子的itp

联合原子只是把非极性的氢给联合了，而能形 ...

老师，发生ATB联合原子力场生成的pdb文件中有的氢原子缺少，可以手动自己给添加上之后再进行动力学模拟吗？

sobereva 发表于 Post on 2020-6-29 21:05:13

azero 发表于 2020-6-29 09:24
1. 试了试用同样小分子个数的AT全原子itp和AT联合原子itp跑MD

全原子的确慢很多, 所以还是很纠结ATB ...

本身GROMOS就是联合原子力场，显然就应当用联合原子的itp

联合原子只是把非极性的氢给联合了，而能形成氢键的非极性的氢是明确保留的，因此明显不影响你统计氢键。

azero 发表于 Post on 2020-6-29 09:24:40

sobereva 发表于 2020-6-29 01:06
别管全原子力场。gromos就是联合原子力场。ATB显示的信息有严重误导性
是

1. 试了试用同样小分子个数的AT全原子itp和AT联合原子itp跑MD

全原子的确慢很多, 所以还是很纠结ATB的联合原子itp和全原子itp

2. 后面打算做另外一个体系，低共熔的体系，如果用联合原子itp，能否统计溶剂氢键情况？

sobereva 发表于 Post on 2020-6-29 01:06:21

azero 发表于 2020-6-27 20:02
请教SOB老师，
ATB生成的小分子力场，有联合原子力场和全原子力场。
跑MD时，是不是联合原子力场的速度 ...

别管全原子力场。gromos就是联合原子力场。ATB显示的信息有严重误导性
是

azero 发表于 Post on 2020-6-27 20:02:01

sobereva 发表于 2020-6-27 17:59
仔细找找肯定有。先进入show molecule page

请教SOB老师，
ATB生成的小分子力场，有联合原子力场和全原子力场。
跑MD时，是不是联合原子力场的速度要快（该小分子作为溶剂）？

sobereva 发表于 Post on 2020-6-27 17:59:30

zhangzh 发表于 2020-6-27 11:02
我确实在ATB的分子库里搜到了，但是没有看到top文件的下载链接，请问具体在哪里下载呢？分子库里只有截图 ...

仔细找找肯定有。先进入show molecule page

zhangzh 发表于 Post on 2020-6-27 11:02:49

本帖最后由 zhangzh 于 2020-6-27 11:03 编辑

sobereva 发表于 2020-6-27 00:25
这么简单的体系早就有别人提交过了，直接在分子库里搜索并下载现成的就行了

我确实在ATB的分子库里搜到了，但是没有看到top文件的下载链接，请问具体在哪里下载呢？分子库里只有截图所示的信息，还是说我找的地方不对？

sobereva 发表于 Post on 2020-6-27 00:25:50

这么简单的体系早就有别人提交过了，直接在分子库里搜索并下载现成的就行了

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