我看的一篇文章里没说要加显示水分子，他算的*H+*COOH的能量是这两个东西都在slab表面然后优化算出来的能量吗？
DOI: 10.1021/acs.jpcc.8b08170

浪啊我是 发表于 2020-6-27 15:39
这是个界面反应，应该不能分别优化分子的吧

那请问还是要把这个*H和*COOH放一块的吧？

SherryLiu 发表于 2020-6-27 05:58
1. 一般计算基元反应的话，都是把分子单独优化，在*COOH+*H→*H2O+*CO过程中，需要分别优化这四个分子或者 ...

这是个界面反应，应该不能分别优化分子的吧

SherryLiu 发表于 2020-6-27 05:58
1. 一般计算基元反应的话，都是把分子单独优化，在*COOH+*H→*H2O+*CO过程中，需要分别优化这四个分子或者 ...

谢谢！还有一点疑问（可能是我没理解你的意思），如果按你说的，把这4个分子或原子分别单独优化的话，怎么计算这个反应的反应热和过渡态呢？比如对于这个反应的反应物，我在分别优化完了*COOH和*H的结构后，还是要把这两个结构放到一个slab里面的吧？

1. 一般计算基元反应的话，都是把分子单独优化，在*COOH+*H→*H2O+*CO过程中，需要分别优化这四个分子或者原子；
2. *H原子的话，看你的是在Ag的那个表面，具体位置的话，有 top, bridge, atop, hcp, fcc... 查查文献看有没有之前算过的文章，有的话可以直接摆那个位置算，没有的话需要自己算各个位置，并选择能量最低的进行下一步计算。
ps: 其他原子或者分子的话，构型也有不同的选择，需要小心，多查查文献，看看别人是怎么摆的。