lei234 发表于 2015-10-10 14:27 涉及到弱相互作用就加，免费改善精度 |
sobereva 发表于 2015-10-10 11:03 我纠结的是不知道该不该加...  最后审稿人问个为什么要加D3BJ，我该怎么回答了 |
lei234 发表于 2015-10-10 10:54 降低那个程度是正常的。 要加D3的话所有计算从头到尾都得加，否则能量没有可比性。 |
lei234 发表于 2015-10-10 08:46 原来读哪个还读哪个。 R6Disp这个就是色散校正能，高斯内部在算的时候先把这一项纳入到核互斥项里。 GD2过时了。一般都用GD3BJ，仅对于明尼苏达系列泛函如M062X才使用GD3。这方面在此文有详述 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210 |
liyuanhe211 发表于 2015-9-30 09:58 请问加了EmpiricalDispersion=GD3BJ后，能量看哪一个？我原来读的是这一项Sum of electronic and thermal Free Energies+Zero-point correction，现在还是读这个吗？这两个能量要管吗？ R6Disp: Grimme-D3(BJ) Dispersion energy= -0.1641080015 Hartrees. Nuclear repulsion after empirical dispersion term = 4632.9845362230 Hartrees. 还有，什么时候用GD2，什么时候用GD3，还有GD3BJ？ 谢谢~ |
sobereva 发表于 2015-10-6 11:13 知道了，谢谢您。  |
lei234 发表于 2015-10-6 10:27 再从结构合理性上琢磨吧。 在B3LYP找的过渡态上继续用M062X refine的时候用calcall结合小步长上限，以保证可靠和避免一下跑飞了。 |
sobereva 发表于 2015-10-3 15:44 用您说的M062X/6-311G**试了，还是跑得远远的了，而且用M062X/6-311G**试了下原来用B3LYP/6-31g*找到的过渡态，然后，没有了！过渡态不见了！！怎么办？ |
lei234 发表于 2015-10-3 10:31 按理说应该形成氢键不该跑那么远 用M062X/6-311G**试试，Ti还用那个 |
lei234 发表于 2015-10-2 11:31 跑得远远的是多远？如果特别远，说明当前用的计算级别不合适，没法描述好弱相互作用，否则应当得到反应复合物。 IRC跑得特别长的时候两端就能通向反应物和产物，但与之精确结构有所偏离，理应将两端的结构作为初猜再优化反应物和产物精确结构。所以直接拿IRC两端的结构来算单点与过渡态结构的单点求差值是不适合拿来算势垒的（如果IRC本来就没跑完整，则这样得到的势垒误差会很大）。 |
sobereva 发表于 2015-10-1 04:29 用了您说的方法，得到了一个虚频的过渡态，但是振动变了，得到的产物应该不是之前的，现在也得到了我想要的过渡态（自己不知道怎么瞎整给整出来了）。又出现了一个问题，就是跑完irc再优化的时候，反应物分子就跑了，解离了，跑得远远的，我想能不能用最后irc得到的反应物和产物的结构直接做个单点计算，不知道这种方法是否可行？就是过渡态是优化得到的，但反应物和产物是跑完irc的单点能？这样似乎也不能直接计算能垒，如果给过渡态最后也算个单点，这样可以吗？所有的能量都是单点能...总觉得不对劲...请您多多指教~谢谢~ |
sobereva 发表于 2015-10-1 04:29 谢谢您的回复~ |
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