求助如何批量删除gro中特定位置的分子

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发布时间: 2020-6-28 21:25

我在创建一个内含水分子的碳纳米管的体系时，发现有小部分水分子跑到了管的外面，请问如何将其选中并删除？直接在gro文件里找坐标感觉过于麻烦且速度慢

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sobereva 发表于 Post on 2020-6-28 23:48:52

file - save coordinate的时候恰当写上选择语句扣除掉外部的分子，语法参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

snljty 发表于 Post on 2020-6-28 22:01:55

最好你的纳米管是平行于某个轴的。善用VMD的选区即可实现。把选区里的原子在保存成新的坐标文件就行。

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