liuyuje714 发表于 2020-6-30 12:44
你还没解决吗？我大致看了一下好像packmol处理这种线性分子规则排列不太好，一些原子，平面约束啥的好像用 ...

谢谢老师，我再来试试。

你还没解决吗？我大致看了一下好像packmol处理这种线性分子规则排列不太好，一些原子，平面约束啥的好像用起来不能达到你需要的效果。我提供一个详细的思路吧。
需求：你要会使用lshell命令（linux和windows（安装cygwin，cmder）上面都可以）；会使用vmd查看结构，确定线性分子首尾原子编号；会packmol简单输入文件编辑

1、准备初始结构单体mol.pdb，然后用vmd转成gro格式（因为我不想处理pdb，gro内容更加简洁）

可以看到初始分子是歪的，主轴不与任何坐标轴平行。
2、使用附件脚本script1.bsh，对这个分子单体进行旋转和平移，使得与Z轴平行，头原子位于原点。你必须找到该分子单体的主轴头和尾原子编号（可视化查看即可），我这个例子中分别选择34和142号原子，使用方式：

1. bash script1.bsh -i mol.gro -head 34 -tail 142

复制代码

得到new_mol.gro文件，你可以可视化查看该分子与你原来的有啥区别。明显和z轴平行

这一点很重要，因为packmol只能自己指定旋转角来进行分子旋转，无法进行任意角度旋转达到与z平行效果。
3、还是先通过vmd把new_mol.gro转成pdb格式，因为packmol需要。我这里命名为init.pdb（和script2.bsh脚本中保持一致），然后执行附件脚本script2.bsh。目的是通过控制分子在xoy平面平移距离，多次调用packmol产生不同位置的结构，最终合并起来，添加水分子使得完成最终体系。这个脚本中的有些参数是需要你自己控制的，比如体系大小，分子间距多少，packmol设置等。使用方式：

1. bash script2.bsh

复制代码

最后得到finall.pdb文件即为你需要的最终体系。如下图：