计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 为什么NO3-离子和水分子间的rdf的结果看起来不合理

为什么NO3-离子和水分子间的rdf的结果看起来不合理

查看数: 8885 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

邱美佳

发布时间: 2020-7-1 16:33

正文摘要:

我模拟了一个硝酸根离子在水溶液中的体系，提取NO3-离子和水分子的rdf的结果如图，为什么第一个峰的高度比后面的还要低啊，感觉不合理，请问产生的可能原因是什么呢

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-7-7 05:11:22

邱美佳发表于 2020-7-2 16:24
谢谢sob老师的解答。上面那张图片我画的是NO3-的所有原子和水分子的所有原子的rdf。我重新定义了索引文件， ...

算什么样的rdf看你目的
你也完全可以在一篇文章里给出不同原子间的rdf，比如考察纯水你可以同时给出H-H、O-O、O-H的。另外对于原子间作用不关注的话，分子质心间的rdf也可以考察

0.1 nm那个是水的氧与这个水自己的氢的rdf，正好是O-H键长

邱美佳 发表于 Post on 2020-7-2 16:24:02

谢谢sob老师的解答。上面那张图片我画的是NO3-的所有原子和水分子的所有原子的rdf。我重新定义了索引文件，画了硝酸根里面的N原子和水中的O的rdf，结果和文献一样了。请问是不是画rdf的时候选择特定的原子和原子会比较合理呀？一般怎么选取好呢？还有一个问题，您给的图后两个峰表示第一配位层和第二配位层。那0.1位置处第一个峰表示什么呢？

sobereva 发表于 Post on 2020-7-1 20:01:12

你得说清楚rdf具体怎么做的，是NO3里所有原子与水的所有原子的，还是特定某个原子间的，还是两类分子质心的，差异会很大。

结合实际rdf类型和轨迹中两类分子的实际接触方式去分析

实在想不明白的时候可结合空间分布函数讨论，例如水-水的O...H的rdf

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register