adong 发表于 2021-1-16 10:19
sob老师，EnerPres什么时候不能用呢？

体系存在真空区的时候绝对不能用
对于界面和非均相的情况（如水+磷脂膜），原理上也不理想，但还不至于一定不能用

sobereva 发表于 2020-7-3 02:05
显然不能让盒子尺寸恰好等于管的尺寸，要不然相当于管的边界原子就和它的镜像强烈互斥了。应当恰当增加距离 ...

sob老师，EnerPres什么时候不能用呢？

CruiseBend 发表于 2021-1-8 17:33
1.老师，对于液相，300K，1bar的CNT吸附小分子，成品阶段应该是NPT，是吗？
2. 对于此模拟的预平衡过程， ...

1 是
2 没必要用NVT

1.老师，对于液相，300K，1bar的CNT吸附小分子，成品阶段应该是NPT，是吗？
2. 对于此模拟的预平衡过程，应该是NVT升温+NPT密度收敛是吗？

libin093 发表于 2020-7-4 11:57
sob老师，我现在对系综选择比较困惑，什么样的问题需要nvt+npt，什么样的问题则不需要npt？我看了一些cnt ...

凝聚相模拟一般都用NPT，显然这样更符合实际情况
没特殊必要就不需要用NVT，很多文章专门做一步NVT其实是完全多余的

libin093 发表于 2020-7-4 09:46
那如果做水溶液中吸附有机物和大分子是不是就需要控压？我看文献里吸附时，一般都在300K、1bar下进行，不 ...

是
不控压的情况实际压力是多少就是多少，没法控制

sobereva 发表于 2020-7-4 05:29
只要你一开始的CNT结构是合理的，对于研究吸附气体分子问题，做NVT就行了，没有控压的必要

sob老师，我现在对系综选择比较困惑，什么样的问题需要nvt+npt，什么样的问题则不需要npt？我看了一些cnt吸附有机物分子的文献，有的是二者兼有，有的是能量最小化+nvt，然后直接成品模拟，对同一个问题不同的人不同的做法，这就让我很困惑

sobereva 发表于 2020-7-4 05:29
只要你一开始的CNT结构是合理的，对于研究吸附气体分子问题，做NVT就行了，没有控压的必要

那如果做水溶液中吸附有机物和大分子是不是就需要控压？我看文献里吸附时，一般都在300K、1bar下进行，不控压的话，这个1bar怎么实现呢？

libin093 发表于 2020-7-3 19:00
还有，像CNT这种结构需不需要做npt控压？如果要控压，是semiisotropic还是应该isotropic？

只要你一开始的CNT结构是合理的，对于研究吸附气体分子问题，做NVT就行了，没有控压的必要

libin093 发表于 2020-7-3 13:35
sob老师，我刚刚试了一下，现在端部原子不变形了，但是我有个问题想请教一下，NVT、NPT阶段我用约束文件 ...

NVT的话用freeze还是限制势都可以，NPT的话建议用限制势

sobereva 发表于 2020-7-3 02:05
显然不能让盒子尺寸恰好等于管的尺寸，要不然相当于管的边界原子就和它的镜像强烈互斥了。应当恰当增加距离 ...

还有，像CNT这种结构需不需要做npt控压？如果要控压，是semiisotropic还是应该isotropic？

sobereva 发表于 2020-7-3 02:05
显然不能让盒子尺寸恰好等于管的尺寸，要不然相当于管的边界原子就和它的镜像强烈互斥了。应当恰当增加距离 ...

sob老师，我刚刚试了一下，现在端部原子不变形了，但是我有个问题想请教一下，NVT、NPT阶段我用约束文件进行约束，而md阶段我想固定CNT不动，这时mdp控压部分如何设置呢？如果想用freeze，那是不是md阶段不控压？如果想控压是不是继续采用约束文件进行固定，而舍弃freeze的方式？

显然不能让盒子尺寸恰好等于管的尺寸，要不然相当于管的边界原子就和它的镜像强烈互斥了。应当恰当增加距离，从而能够通过平移复制盒子来得到正确的无穷延展的CNT
另外应当加上periodic-molecules = yes，以使得gmx能正确描述CNT跨越盒子成键

用freeze的时候不建议用压浴，否则容易出问题
而且体系未充分平衡的时候不要用PR压浴

不要用EnerPres，根本不适合当前情况。