1367 发表于 2024-5-14 09:42 看http://trappe.oit.umn.edu TraPPE-UA可以描述，自行写拓扑文件 |
sobereva 发表于 2024-5-13 22:23 感谢sob老师的回复，我想模拟的就是甲烷在醚类溶剂中的溶解度，在论坛上面我找到了关于TraPPE力场的小分子，但是似乎没有CH4的，1.有什么办法模版可以参考写嘛？或者我是不是可以根据您提供的co2的，然后根据文献中提供的参数进行修改，变成所需要的？2.写完了之后，想问一下如何去调用？是否可以将其include到类似于其他力场的拓扑文件中？ |
1367 发表于 2024-5-13 20:14 看你用TraPPE模拟什么，论坛里之前就有人发过TraPPE的很多小分子的拓扑文件，一搜就有 |
sobereva 发表于 2020-7-3 02:02 您好，想问一下这个TraPPE力场似乎在gromacs中没有，如何去使用？还有如果使用这个力场，关于其拓扑文件又该如何去构建？ |
sobereva 发表于 2020-7-4 05:45 了解，谢谢老师 |
sliverlyx 发表于 2020-7-3 09:18 不同语境下“软核”的含义不同。 自由能计算里牵扯的软核势和你当前的情况并没有什么联系，按我前面说的直接定义[nonbond_params]就行了，不牵扯到自由能计算问题。 |
sobereva 发表于 2020-7-3 02:02 谢谢sobereva老师的指导，第四个问题我再仔细看了下手册确定了，老师我想再请教一下，软核相互作用是不是只是用于自由能计算中的设置，所以还是采用在top文件里定义[nonbond_params]来实现退火后nvt模拟的部分，如果进行自由能计算分析还是在mdp文件中进行软核相互作用设置，还是新版的gromacs不采用软核相互作用的设置了 |
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1 你当前用的不是OPLS-AA。此力场是全原子力场，而OPLS原子类型1-134对应的是联合原子力场OPLS-UA。 用OPLS-AA或UA模拟这个本身没什么问题，用TraPPE也很合适。 2 自定义[ nonbond_params ]，里面直接定义target和carrier粒子的原子类型之间的势是只考虑1/r12那部分的形式。 3 合适 |
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