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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助，meta-eABF报大量Prepared sample and gradient bu ...

求助，meta-eABF报大量Prepared sample and gradient buffers at step XXX信息

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发布时间: 2020-7-6 08:50

正文摘要:

老师们好，我正在用meta-eABF做模拟，现在模拟进行到4.5μs左右了。我发现模拟进行到4μs以后，生成的log文件里出现了非常多的“Prepared sample and gradient buffers at step XXX”信息（有接近1个G的这种信息）。 ...

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minishotgun 发表于 Post on 2020-7-6 11:36:27

fhh2626 发表于 2020-7-6 11:26
或者你把colvars.state里面的timestep改成0，看看行不行

好的，我去试一下。不过这样做会影响计算结果（PMF）吗

fhh2626 发表于 Post on 2020-7-6 11:26:25

minishotgun 发表于 2020-7-6 11:00
谢谢付老师解答

根据PMF RMSD曲线，我们的模拟确实还没有收敛。估计还得再跑个几μs才会收敛。

或者你把colvars.state里面的timestep改成0，看看行不行

fhh2626 发表于 Post on 2020-7-6 11:16:30

minishotgun 发表于 2020-7-6 11:00
谢谢付老师解答

根据PMF RMSD曲线，我们的模拟确实还没有收敛。估计还得再跑个几μs才会收敛。

你把meta-eABF的高斯峰调小了吗？

你可以画出来看看自由能面的变化情况，有可能这个PMF的变化是出现在无关紧要的位置，或者你画Gradient的RMSD，这样无关紧要的位置的贡献就没这么大

我觉得没问题。。但是那样文件会比较大

fhh2626 发表于 Post on 2020-7-6 09:55:45

那个好像是colvars整形越界了。。。话说你跑了4.5μs还没有收敛吗

你可以续跑的时候把firstTimeStep设成0试试

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