求助gmx运行em时出现问题

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发布时间: 2020-7-7 15:41

本帖最后由 guang2yang12 于 2020-7-7 15:47 编辑初学gmx，借助高斯对有机小分子进行了结构优化，并利用Multiwfn计算了RESP电荷，之后利用ambertools和acpype产生了拓扑文件。参照“水中的溶菌酶”教程，使用指 ...

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guang2yang12 发表于 Post on 2020-7-9 10:57:25

sobereva 发表于 2020-7-9 07:08
packmol建盒子
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsc ...

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-7-9 07:08:39

guang2yang12 发表于 2020-7-8 09:40
谢谢社长，还想请教一下，如果要将水溶剂改成其他溶剂，如DMSO, DMF等，应该如何操作呢？

packmol建盒子
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

guang2yang12 发表于 Post on 2020-7-8 09:40:16

sobereva 发表于 2020-7-8 03:12
把#include "oplsaa.ff/spce.itp"加到合适的位置就完了

用GROMACS自带的OPLS-AA/L跑蛋白质是馊主意，仔 ...

谢谢社长，还想请教一下，如果要将水溶剂改成其他溶剂，如DMSO, DMF等，应该如何操作呢？

sobereva 发表于 Post on 2020-7-8 03:12:46

把#include "oplsaa.ff/spce.itp"加到合适的位置就完了

用GROMACS自带的OPLS-AA/L跑蛋白质是馊主意，仔细看J. Chem. Theory Comput., 8, 2725 (2012)。死活非要用OPLS系的起码也应该用OPLS/AA-M。

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