求助g_mmpbsa提取的能量和用gmx energy提取的能量的区别

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发布时间: 2020-7-7 20:12

请问用g_mmpbsa提取的各种能量和直接用gmx energy提取的各种能量有啥区别呀？我看两种方法好像都可以提取范德华自由能，静电势能这些能量。

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sobereva 发表于 Post on 2020-8-17 11:57:23

小土豆发表于 2020-8-17 11:12
老师，那个mmpbsa计算之后的能量，“结合"自由能是什么意思，是两个组分间的能量差嘛？

当然是结合过程的自由能变化

小土豆 发表于 Post on 2020-8-17 11:12:07

sobereva 发表于 2020-7-8 02:34
gmx energy没法直接提取自由能，更没有什么“范德华自由能”

也没有“静电势能”这个词，应当说静电作用 ...

老师，那个mmpbsa计算之后的能量，“结合"自由能是什么意思，是两个组分间的能量差嘛？

sobereva 发表于 Post on 2020-7-8 02:34:28

gmx energy没法直接提取自由能，更没有什么“范德华自由能”

也没有“静电势能”这个词，应当说静电作用能

g_mmpbsa主要是额外把溶剂效应的贡献考虑进去了，这对于计算溶剂环境下的结合能是非常关键的

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