sobereva 发表于 2020-7-9 07:07
你怎么能写-ignh
你都刻意让pdb文件里的原子名和rtp里的对应了，你还写-ignh把氢给忽略了，pdb2gmx当然 ...

谢谢老师，去了ignh后就解决了！

961106 发表于 2020-7-8 09:38
谢谢老师，这是我的命令是gmx pdb2gmx -f DMSO.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh
pdb文件信息是: ...

你怎么能写-ignh
你都刻意让pdb文件里的原子名和rtp里的对应了，你还写-ignh把氢给忽略了，pdb2gmx当然找不到氢

sobereva 发表于 2020-7-8 03:17
pdb里记录的是原子名，而不是原子类型
没完整的文件和具体运行命令不好说

谢谢老师，这是我的命令是gmx pdb2gmx -f DMSO.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh
pdb文件信息是:
CRYST1  101.984   44.884   58.022  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  S2  DMSOX   1       6.581  24.592  17.165  1.00  0.00           S
ATOM      2  O1  DMSOX   1       6.255  24.607  15.718  1.00  0.00           O
ATOM      3  C3  DMSOX   1       8.000  25.498  17.464  1.00  0.00           C
ATOM      4  C7  DMSOX   1       5.450  25.513  18.066  1.00  0.00           C
ATOM      5  H4  DMSOX   1       8.827  25.045  16.958  1.00  0.00           H
ATOM      6  H5  DMSOX   1       8.192  25.549  18.515  1.00  0.00           H
ATOM      7  H6  DMSOX   1       7.866  26.494  17.096  1.00  0.00           H
ATOM      8  H8  DMSOX   1       4.480  25.068  17.983  1.00  0.00           H
ATOM      9  H9  DMSOX   1       5.427  26.522  17.710  1.00  0.00           H
ATOM     10  H10 DMSOX   1       5.745  25.524  19.095  1.00  0.00           H
END麻烦老师看一下这是什么问题，谢谢老师！

pdb里记录的是原子名，而不是原子类型
没完整的文件和具体运行命令不好说