求助amber使用“saveamberparm”保存文件时出现问题

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发布时间: 2020-7-9 21:01

amber使用“ saveamberparm”保存文件时，就会发生这种情况，请问如何解决此类状况，谢谢解答

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chensy 发表于 Post on 2020-7-10 15:25:36

八月的雨季发表于 2020-7-9 21:11
输入文件完整内容贴出来

谢谢已经解决

chensy 发表于 Post on 2020-7-10 15:25:11

DoubeeTwT 发表于 2020-7-10 10:20
看一下你pdb里是不是原子名写的是CL-,这个第三列改成Cl,最后一列是Cl-
ATOM 1 Cl ALA 2 ...

谢谢因为之前没有遇到过此类问题这是因为没有source离子力场

chensy 发表于 Post on 2020-7-10 15:24:32

sobereva 发表于 2020-7-10 04:23
缺少Cl-原子类型参数
本身AMBER力场只有Cl原子类型而没有Cl-

十分感谢 source了离子力场，已经解决

DoubeeTwT 发表于 Post on 2020-7-10 10:20:10

看一下你pdb里是不是原子名写的是CL-,这个第三列改成Cl,最后一列是Cl-
ATOM 1 Cl ALA 2 7.968 -8.162 41.767 0.14 14.00 Cl-

sobereva 发表于 Post on 2020-7-10 04:23:29

缺少Cl-原子类型参数
本身AMBER力场只有Cl原子类型而没有Cl-

八月的雨季 发表于 Post on 2020-7-9 21:11:08

输入文件完整内容贴出来

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