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Gromacs在有机分子-磷脂DPPC的水体系做能量最小化时出现问题

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chengyuseu

发布时间: 2020-7-9 22:40

正文摘要:

想请教一下各位老师，我在做gromacs的能量最小化后发现体系的结构出错。体系是有机分子-磷脂DPPC的水体系。这个是加完离子能量最小化的结构，上下的水合并到一起了，本来在中间的磷脂DPPC分别到上面和下面了 ...

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chengyuseu 发表于 Post on 2020-7-10 09:35:23

sobereva 发表于 2020-7-10 04:28
8成是一开始的结构文件有问题。注意gro文件里坐标是从(0,0,0)开始定义的，初始gro文件里的原子坐标原则上不 ...

谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2020-7-10 04:28:49

8成是一开始的结构文件有问题。注意gro文件里坐标是从(0,0,0)开始定义的，初始gro文件里的原子坐标原则上不应当有负值
mdp没显著问题

gro是典型的文本文件格式，如论坛首页公告栏明确所示，超过500KB的gro应当压缩后再上传，免得严重浪费论坛空间、导致别人下载慢。正因为很多人没有这基本常识、也不去注意这点，所以论坛禁止直接上传超过500KB的gro。

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