计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

PYXAID 自带python脚本运行出错求助

查看数: 11907 | 评论数: 24 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2020-7-12 21:34

正文摘要:

各位老师,同学,大家好。最近在学习晶体非绝热分子动力学模拟,学的是PYXAID程序,主要还是看官网的教程。然后了解很小。遇到了一些编译问题,希望大家不吝赐教: 这个程序我已经安装好了,但是在运行系统自带的脚 ...

回复 Reply

三天写出SCI 发表于 Post on 2023-9-25 09:32:57
YUNQI 发表于 2022-3-2 09:26
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

楼主请问这个解决了吗?
zhou9527 发表于 Post on 2023-7-6 10:45:16
fakepanda 发表于 2023-6-27 09:47
感谢您的回复。VBM和CBM折叠到Gamma点就可以吗?对于异质结来说,为了研究形成异质结构后,两个材料CBM和 ...

我只熟悉单K点的namd, 所以都得折到Gamma点吧
fakepanda 发表于 Post on 2023-6-27 09:47:05
zhou9527 发表于 2023-4-18 13:41
不好意思,忘了密码,一直登不上来。只要你的VBM和CBM在Gamma点就可以,原子数目看个人的计算能力,没有 ...

感谢您的回复。VBM和CBM折叠到Gamma点就可以吗?对于异质结来说,为了研究形成异质结构后,两个材料CBM和VBM之间的载流子运动,那么除了整个体系的VBM和CBM,两个材料的CBM与VBM是不是都要折叠到Gamma点呢?
yandy 发表于 Post on 2023-5-25 18:24:54
您好,最近一直在运行安装这个软件,遇到了和您一样的问题,想问问您最终怎么解决的。应该如何测试自己安装成功了呢?
zhou9527 发表于 Post on 2023-4-18 13:41:49
fakepanda 发表于 2023-2-23 16:41
感谢你的回复。我目前也需要模拟计算周期性结构的激发态,但由于我并不熟悉QE,并且出现了极多的报错无法 ...

不好意思,忘了密码,一直登不上来。只要你的VBM和CBM在Gamma点就可以,原子数目看个人的计算能力,没有说必须要超过多少原子
fakepanda 发表于 Post on 2023-2-23 16:41:08
本帖最后由 fakepanda 于 2023-2-24 15:23 编辑
zhou9527 发表于 2023-2-22 15:24
没错,不过好久没用了,最近都是用hefei-namd

感谢你的回复。我目前也需要模拟计算周期性结构的激发态,但由于我并不熟悉QE,并且出现了极多的报错无法解决。所以现在正在编写pyxaid对接vasp的脚本,因此有些问题想向您请教。
(1)、参考hefei-NAMD和pyxaid的讲座和教程,目前我对整个计算流程有了初步了解。结构优化时,需要构建较大的超胞,原子个数在70最右是否可行?期待您的解惑,感激不尽。
zhou9527 发表于 Post on 2023-2-22 15:24:56
fakepanda 发表于 2023-2-20 11:50
同学你好,我最近也在学习使用PYXAID这个程序包。在计算NAMD之前,你是用QE进行AIMD计算的吗?

没错,不过好久没用了,最近都是用hefei-namd
fakepanda 发表于 Post on 2023-2-20 11:50:42
同学你好,我最近也在学习使用PYXAID这个程序包。在计算NAMD之前,你是用QE进行AIMD计算的吗?
zhou9527 发表于 Post on 2022-3-6 11:26:52
YUNQI 发表于 2022-3-2 09:32
UB 和 CRR 分别代表什么呢

Makefile文件只需要你给定相应的Python(2.7)和boost的include和lib目录就可以了。
zhou9527 发表于 Post on 2022-3-2 14:30:34
YUNQI 发表于 2022-3-2 09:32
UB 和 CRR 分别代表什么呢

你装好了boost没有,只需要给出boost和python的lib和include文件就可以正常编译
YUNQI 发表于 Post on 2022-3-2 09:32:14
UB 和 CRR 分别代表什么呢
YUNQI 发表于 Post on 2022-3-2 09:26:18
请问更改Makefile的时候,是需要把Python和c++的路径粘贴在P1,P11,以及P2,P12后面吗?
非常感谢,计算机新手,安装不上了。p1,p11 分别粘贴什么内容呢
zhou9527 发表于 Post on 2020-7-15 17:56:27
改了环境变量,能正常运行了
zhou9527 发表于 Post on 2020-7-13 09:57:09
zjxitcc 发表于 2020-7-13 09:29
你环境变量里打了错别字,应该是PYTHONPATH

谢谢

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 23:36 , Processed in 0.219251 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list