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gromacs遇到没找到原子类型应该怎么解决

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邱美佳

发布时间: 2020-7-13 00:00

正文摘要:

老师，我想用mktop脚本生成BF4阴离子的opls力场下的top,可是软件说不能找到原子类型，这种情况应该怎么解决呢？有哪些具体的解决方法呢？如果是要在opls力场中补充这两种元素，具体应该在哪些文件的什么位置补充呢？ ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-7-13 11:16:17

OPLS-2009IL：JCTC, 5, 1038 (2009)
0.8*OPLS-2009IL：JCTC, 13, 6131 (2017)
OPLS-VSIL：JPCB, 122, 2962 (2018)

OPLS2009-IL、0.8*OPLS-2009IL、OPLS-VSIL的GROMACS力场包
https://github.com/orlandoacevedo/IL

邱美佳 发表于 Post on 2020-7-13 11:06:19

sobereva 发表于 2020-7-13 09:24
本来mktop基于的OPLS-AA和AMBER03力场就都不支持硼。无解。
如果你是想要模拟离子液体中的-，有现成的离子 ...

老师，请问那个力场支持BF4呀？我是想模拟离子液体在CNT中的传输，所以才想用OPLS力场

sobereva 发表于 Post on 2020-7-13 09:24:39

本来mktop基于的OPLS-AA和AMBER03力场就都不支持硼。无解。
如果你是想要模拟离子液体中的[BF4]-，有现成的离子液体力场，根本不需要自己这样搞。

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