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溶剂化模型下计算相互作用能与不加溶剂化模型下的相互作用差异

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sungl123456

发布时间: 2020-7-15 11:32

正文摘要:

本帖最后由 sungl123456 于 2020-7-15 12:03 编辑老师好，我研究一种离子液体分子和乙醇/乙酸乙酯溶剂分子的相互作用，利用高斯09计算，泛函基组选择M062X/6-311+**计算，相互作用能采用e=E(AB)-E(A)-E(B)公式， ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-7-21 00:29:19

sungl123456 发表于 2020-7-20 17:08
不加溶剂化模型的相互作用能计算感觉对深入探讨不方便，老师那对于gromacs中对溶剂化模型没有定义或者解 ...

gmx <=2018都有GB模型

结合APBS可以在PB模型下计算

sungl123456 发表于 Post on 2020-7-20 17:08:18

sobereva 发表于 2020-7-20 13:17
根据计算公式，是正就是正，是负就是负，没有什么判断问题

你用GROMACS算的没有考虑溶剂效应对相互作 ...

不加溶剂化模型的相互作用能计算感觉对深入探讨不方便，老师那对于gromacs中对溶剂化模型没有定义或者解决办法么

sobereva 发表于 Post on 2020-7-20 13:17:51

sungl123456 发表于 2020-7-20 09:57
老师好，还是在题目的体系下进行探讨，我在gromacs中计算的相互作用能和高斯溶剂化模型下相互作用能做了 ...

根据计算公式，是正就是正，是负就是负，没有什么判断问题

你用GROMACS算的没有考虑溶剂效应对相互作用的影响，明显会导致和考虑了溶剂模型下用Gaussian算的相互作用能差异巨大。
都在真空下计算，只要做法得当，基于力场算的和量化算的能定性吻合，看比如此文里的对比
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

贴数据的时候注意写清楚单位

sungl123456 发表于 Post on 2020-7-16 09:43:36

sobereva 发表于 2020-7-15 20:22
注意把6-311+G**写正确，两处都写错了。可以满足

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-7-15 20:22:16

注意把6-311+G**写正确，两处都写错了。可以满足

sungl123456 发表于 Post on 2020-7-15 15:47:31

喵星大佬发表于 2020-7-15 12:50
在乙醇中是正常现象，离子液体属于明显带电荷的物种，带点物种在真空中和极性溶剂中能量差异巨大是很正常的 ...

好的，感谢回答，我比较了很多文献中的数据也觉得不加溶剂模型的结论不是很科学

喵星大佬 发表于 Post on 2020-7-15 12:50:41

在乙醇中是正常现象，离子液体属于明显带电荷的物种，带点物种在真空中和极性溶剂中能量差异巨大是很正常的。建议加隐式溶剂模型，否则结果几乎没有意义。

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