计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

求助:分子动力学模拟后五元环平面结构改变

查看数: 9121 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2020-7-15 17:56

正文摘要:

各位老师及sob老师好:         本人模拟了一个含有咪唑环的低聚合物,能量最小化后进行了2ns的NVT,但是发现五元环发生了一些改变,不再满足完美的平面结构。下面是一些侧视图 ( ...

回复 Reply

北京的大猫 发表于 Post on 2020-7-16 10:46:23
naoki 发表于 2020-7-16 09:32
看看其他文献的参数或者用现成的GAFF或OPLS-AA试试,自己开发那就麻烦多了。

恩恩,非常感谢您
naoki 发表于 Post on 2020-7-16 09:32:27
北京的大猫 发表于 2020-7-16 09:08
谢谢sob老师,那最好就是重新开发力场吗?我目前用的是文献上的力场参数。

看看其他文献的参数或者用现成的GAFF或OPLS-AA试试,自己开发那就麻烦多了。
北京的大猫 发表于 Post on 2020-7-16 09:08:25
sobereva 发表于 2020-7-15 20:06
力场参数差点意思。热运动导致适度的波动是正常的,但你的情况键长偏离平衡结构以及平面弯曲程度有点大
不 ...

谢谢sob老师,那最好就是重新开发力场吗?我目前用的是文献上的力场参数。
sobereva 发表于 Post on 2020-7-15 20:06:17
力场参数差点意思。热运动导致适度的波动是正常的,但你的情况键长偏离平衡结构以及平面弯曲程度有点大
不过这不一定意味着模拟的凝聚相属性一定差,毕竟主要决定这些的是分子间相互作用。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 21:09 , Processed in 0.163613 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list