dimoo 发表于 2022-10-5 16:34
请问楼主为什么要添加如图所示的pull参数

当不指定此选项时，gromacs 只会从列表中搜索群中的中心原子，即，如果您有一组 10 个原子，则 gromacs 使用第五个原子，这不一定与您的群的几何中心相对应。这通常不是问题，但是当组大于盒子的一半时，使用 PBC 计算距离的选择可能并不理想，因此您必须指定一个更好的原子供 gromacs 使用。

同问楼主，这个8576是你第二个组的原子数吗？

请问楼主为什么要添加如图所示的pull参数

黄舒伟 发表于 2022-6-2 16:27
可以参考：https://www.researchgate.net/pos ... ion_in_GROMACS_2020

好的，谢谢你的答复。这个问题我之前已经解决了。下面是我修改过的pull code
; Pull code
pull                    = yes
pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinate
pull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name        = dehp_benzan
pull_group2_name        = POPC
pull_group2_pbcatom     = 8576
pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
pull_coord1_k           = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2
pull-coord1-vec      = 0.0 0.0 -1.0
pull_coord1_type     = umbrella
pull_coord1_geometry = direction
pull_coord1_groups   = 1 2
pull_coord1_dim      = N N Y
pull_coord1_rate     = -0.0001      ; 0.0001 nm per ps = 0.1 nm per ns
pull_coord1_start    = yes

byqyb 发表于 2021-5-11 16:29
您好，想咨询一下您伞取样的问题，我也是做有机分子穿过磷脂双分子层。我是在umbrella-sampling过程中提 ...

可以参考：https://www.researchgate.net/pos ... ion_in_GROMACS_2020

这教程  楼主可以分享以下吗

chengyuseu 发表于 2020-7-22 14:36
好的，谢谢老师，我再检查下。

您好，想咨询一下您伞取样的问题，我也是做有机分子穿过磷脂双分子层。我是在umbrella-sampling过程中提示When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms in the group is larger than 0.5 times half the box size a centrally placed atom should be chosen as pbcatom. Pull group 1 is larger than that and does not have a specific atom selected as reference atom.但实际上我的box长度一半远大于间隔距离。
以下是我的pull code：
; Pull code
pull                    = yes
pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinate
pull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name        = POPC
pull_group2_name        = DMP
pull_coord1_type        = umbrella  ; harmonic potential
pull_coord1_geometry    = distance  ; simple distance increase
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_start       = yes       ; define initial COM distance > 0
pull_coord1_rate        = 0.0       ; restrain in place
pull_coord1_k           = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2
想问一下您这个该怎么解决呢？或者我能参考一下您的pull code吗？

wyb 发表于 2020-7-20 09:08
但你的图片是显示400到500之间出现了问题，你再看一下，不过按你的描述，500-1000小分子没动那肯定是你没有 ...

好的，谢谢老师，我再检查下。

但你的图片是显示400到500之间出现了问题，你再看一下，不过按你的描述，500-1000小分子没动那肯定是你没有设置好体系

wyb 发表于 2020-7-17 08:43
查看一下轨迹文件，是否跨过了周期性边界盒子

谢谢老师的回复，我检查了第500帧和第1000帧的gro文件，体系中的有机小分子都在体系的中间。感觉500到1000帧之间，有机小分子没有被牵引，没有移动。老师，是不是我设置的参数有问题。

麻烦各位老师看下，谢谢。

查看一下轨迹文件，是否跨过了周期性边界盒子