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氟化氢加成到乙烯用2种不同IRC方法得到的能量差将近30KJ/mol

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斯卡姆

发布时间: 2020-7-17 11:09

正文摘要:

量化小白一枚，前段时间参加初级量化班，最近一直在认真复习总结老师上课讲义，其中的IRC的计算中练习：氟化氢加成到乙烯计算反应势垒和反应能，用Gaussian（版本16 A.03）算了2遍：方法均为过渡 ...

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斯卡姆 发表于 Post on 2020-7-19 09:24:39

sobereva 发表于 2020-7-18 10:15
课上的这个练习的文件都是G09跑的，和G16默认的积分格点精度不同，足以造成零点几kJ/mol的差异

前面人家 ...

啊，明白啦，老师，RMS displacement是根均方位移，为几何收敛的判据；与上边的RSMD不同，孤陋寡闻啦；谢谢老师答疑！

sobereva 发表于 Post on 2020-7-18 10:15:53

课上的这个练习的文件都是G09跑的，和G16默认的积分格点精度不同，足以造成零点几kJ/mol的差异

前面人家说的RMSD是指按照此文方法算的衡量两个结构间差异的RMSD
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

优化任务末尾那个RMSD和这完全不是一码事，这是指RMS displacement，是课上讲的几何优化收敛的判据

斯卡姆 发表于 Post on 2020-7-17 22:53:58

hebrewsnabla 发表于 2020-7-17 19:57
0.6kJ/mol可以忽略了

好，明白

hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-7-17 19:57:59

斯卡姆发表于 2020-7-17 19:12
感谢，占据您时间啦。我又重新读取了我的方法1的数据，又重新算了一遍；

数据没有读错，是计算有问题 ...

0.6kJ/mol可以忽略了

斯卡姆 发表于 Post on 2020-7-17 19:12:25

hebrewsnabla 发表于 2020-7-17 16:34
结果一的287.7这个数据算错了吧，，或者结果一的P的能量抄错了？

30kJ/mol大约是0.01Hartree，你这前三 ...

感谢，占据您时间啦。我又重新读取了我的方法1的数据，又重新算了一遍；

数据没有读错，是计算有问题，（当时是在网页上复制算得，可以拷贝时候出现错误啦）

计算结构的误差在0.6 KJ/mol

				KJ/mol
	R(双分子聚合物)	TS	P	正向势垒	逆向势垒	反应能
B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ-自测结果1	-178.9779466	-178.8985097	-178.9987709	208.5616	263.2358	-54.6742
B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ 结果2	-178.9782	-178.8985	-178.9988	209.2523	263.3376	-54.0853

hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-7-17 16:34:42

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-17 16:37 编辑

结果一的287.7这个数据算错了吧，，或者结果一的P的能量抄错了？

30kJ/mol大约是0.01Hartree，你这前三列数据明显没有相差0.01的啊

zjxitcc 发表于 Post on 2020-7-17 14:37:08

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-7-17 14:41 编辑

过渡态是否正确、反应物产物结构咋样，两种做法得到的结构RMSD相差多少，这些基本信息都要给出。还有，B2PLYP能量从哪里读取的？别读错地方了

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