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液液两相体系建模问题

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发布时间: 2020-7-18 21:49

正文摘要:

老师好,我向建立一个有机相与水相的两相体系(两相体积相同),想用packmol建模,怎么选择插入的有机分子数量和水分子的数量呢。我之前试过500水分子500有机物分子在做NPT(只控制z方向压强)时盒子在z方向变得很长 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-7-18 22:41:33
根据纯物质状态的质量密度、分子质量,换算成加入的有机分子和水分子数

绝对不要用constraints         = all-bonds,公社论坛之前我回复过很多次

dt                  =  0.0002莫名其妙,用这么小步长干嘛,一般都用0.002

若无特殊情况,rlist也设成1.0

体系都还没平衡,甭用PR压浴

甭用gen_vel             =  yes。老老实实从0K线性升温

periodic_molecules  = yes根本就不是用在当前场合的


你的mdp问题太多,不懂的不要瞎写

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