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求助芬顿反应与类似过氧化氢酶反应的过渡态模型

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发布时间: 2020-7-19 15:18

正文摘要:

各位老师同学好!我最进行在构建两个反应的过渡态模型,但是由于我对反应不是很熟悉,查找了很多文献没有找到关于这两个反应的过渡态构型 如图是两个反应的分步反应,我想构建标黄色的两个分反应的过渡态,最下面是 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-10 20:59:47
fd7 发表于 2023-8-10 09:29
老师,我试了几种方法。因为我不确定自旋多重度是多少,然后就1,3,5都试试。总想着都能够结构优化成功 ...

建议先从配体场理论判断自旋多重度,很可能可以不经计算就排除掉至少一种自旋多重度。
此外,如果SCF不收敛就解决SCF不收敛的问题,如果结构优化不收敛或存在虚频就消虚频(http://sobereva.com/164http://sobereva.com/278)。在这方面碰到困难,应该首先尝试的是加帮助收敛的关键词,而不是一旦按默认设置不收敛或者有虚频就换理论方法。
fd7 发表于 Post on 2023-8-10 16:29:30
wzkchem5 发表于 2023-8-10 16:21
什么叫结构优化不出来?SCF不收敛,还是结构优化不收敛,还是结构优化收敛了但是总是有虚频?

老师,我试了几种方法。因为我不确定自旋多重度是多少,然后就1,3,5都试试。总想着都能够结构优化成功且没有虚频,这样大概对比下单点能。但是总是同一种理论方法和基组不能够使得1,3,5结构优化成功且没有虚频。

202308101626082765..png (40.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202308101626082765..png
wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-10 16:21:14
fd7 发表于 2023-8-10 09:04
谢谢老师的指正,我会注意的。老师,是因为上面的小分子带有1个负电荷,总体系变成了2.但是后来我发现, ...

什么叫结构优化不出来?SCF不收敛,还是结构优化不收敛,还是结构优化收敛了但是总是有虚频?
fd7 发表于 Post on 2023-8-10 16:04:41
wzkchem5 发表于 2023-8-10 15:39
你这个输入文件里电荷是2不是3啊
此外注意用词规范,不能说“HF最低”,从HF=那里读的能量不能简称HF, ...

谢谢老师的指正,我会注意的。老师,是因为上面的小分子带有1个负电荷,总体系变成了2.但是后来我发现,下面的过渡金属结构的总电荷应该是0,这样子有小分子存在的情况下,体系总电荷应该是-1.自旋多重度可能是1,3,5。但是3,5我总是结构优化不出来。
wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-10 15:39:53
fd7 发表于 2023-8-8 13:06
sob老师好,我也是这种Fe-N4结构,我参考了您的意见,柔性扫描O-O键长,这是我的gif文件,我一直在502循 ...

你这个输入文件里电荷是2不是3啊
此外注意用词规范,不能说“HF最低”,从HF=那里读的能量不能简称HF,可以简称单点能、能量之类
fd7 发表于 Post on 2023-8-10 09:16:06
sobereva 发表于 2023-8-8 21:19
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好的,老师,我再去仔细看下收敛的解决办法。谢谢您
sobereva 发表于 Post on 2023-8-8 21:19:38
fd7 发表于 2023-8-8 20:06
sob老师好,我也是这种Fe-N4结构,我参考了您的意见,柔性扫描O-O键长,这是我的gif文件,我一直在502循 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

没有可补充的
fd7 发表于 Post on 2023-8-8 20:06:12
本帖最后由 fd7 于 2023-8-8 20:09 编辑
sobereva 发表于 2020-7-19 21:44
过氧化氢酶那个,柔性扫描一下铁上的氧与双氧水的氧的距离,看有没有能当过渡态初猜的点

sob老师好,我也是这种Fe-N4结构,我参考了您的意见,柔性扫描O-O键长,这是我的gif文件,我一直在502循环,没有办法出来第一步,不知道是不是Fe-N4的结构优化的有问题或者电荷或者自旋设置的问题。Fe-N4结构优化设置:# opt scrf=(smd,solvent=water) mn15/def2svp em=gd3bj iop(3/174=1000000,3/175=786200,3/177=2097100,3/178=7592300) ,电荷3,自旋多重度4(选择4的原因是优化了2,4,6之后,发现自旋为4的时候HF最低),优化后没有虚频。请老师帮忙看下,谢谢您。

FeN4-PMS_relax.gjf

3.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

sobereva 发表于 Post on 2020-7-19 21:44:03
过氧化氢酶那个,柔性扫描一下铁上的氧与双氧水的氧的距离,看有没有能当过渡态初猜的点

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