tppmktop网站在哪里下载扩充的opls力场

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发布时间: 2020-7-20 22:28

请问tppmktop网站在哪里可以下载扩充后的opls力场呀？我上传了pdb后只能得到itp文件，没找到力场的下载位置

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zhy336613 发表于 Post on 2023-1-16 23:40:16

https://github.com/gromacs/gromacs/tree/main/share/top/oplsaa.ff
我是在这里找到的力场文件，但看到二楼的方案我决定尝试一下。

fhh2626 发表于 Post on 2020-7-21 15:45:52

naoki 发表于 2020-7-21 09:42
ligpargen只能处理200原子以下的分子，稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

聚合物那完全是另外一回事

比如CHARMM-GUI就有处理聚合物的工具

k64_cc 发表于 Post on 2020-7-21 12:13:45

naoki 发表于 2020-7-21 09:42
ligpargen只能处理200原子以下的分子，稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

小分子力场不适合干这个，考虑把聚合物的monomer当残基一样处理吧……

naoki 发表于 Post on 2020-7-21 09:42:35

fhh2626 发表于 2020-7-20 22:56
生成OPLS力场只建议用ligpargen
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

ligpargen只能处理200原子以下的分子，稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

sobereva 发表于 Post on 2020-7-20 23:50:48

有OPLS原作者的ligpargen就没必要考虑第三方的人搞的半山寨的工具了

fhh2626 发表于 Post on 2020-7-20 22:56:42

生成OPLS力场只建议用ligpargen
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

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