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BURAI建模中原子固定的问题求助

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发布时间: 2020-7-22 11:49

正文摘要:

老师,您好           1. 使用BURAI搭建模型时,选择SCF计算后,会自动选择固定原子,请问怎样查看哪些原子发生了固定呢?我在BRUAI的图形界面中也看不到对应的原子序号   & ...

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安然 发表于 Post on 2021-4-16 10:55:10
本帖最后由 安然 于 2021-4-16 19:54 编辑
一束光 发表于 2021-4-15 15:44
您好,我也是个计算化学的初学者,最近在学着使用burai,我看我的体系跟您很像,请问MgAl2O4的超胞您计算 ...

这个和你的计算机配置和计算参数有关

一束光 发表于 Post on 2021-4-15 15:44:41
风飞 发表于 2020-7-22 22:12
嗯,好的 谢谢老师,还有一个疑问
1. 在使用BURAI建立超胞模型的时候,当width cell 为1的时候,感觉晶 ...

您好,我也是个计算化学的初学者,最近在学着使用burai,我看我的体系跟您很像,请问MgAl2O4的超胞您计算大概需要多久啊?
卡开发发 发表于 Post on 2020-7-29 10:39:10
风飞 发表于 2020-7-29 08:29
老师,请问截断能测试和K点测试是在relax下进行还是vc-relax下进行呢?

scf
风飞 发表于 Post on 2020-7-29 08:29:08
卡开发发 发表于 2020-7-29 07:27
1、可以。
2、MS的k-path好像并不太好。

老师,请问截断能测试和K点测试是在relax下进行还是vc-relax下进行呢?
卡开发发 发表于 Post on 2020-7-29 07:27:31
风飞 发表于 2020-7-29 03:00
老师,您好,请问截断能测试和k点测试可以用primitive cell吗?                   此外,MS可以自动生成K ...

1、可以。
2、MS的k-path好像并不太好。
风飞 发表于 Post on 2020-7-29 03:00:49
本帖最后由 风飞 于 2020-7-29 07:54 编辑
卡开发发 发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说,建议还是做一下收敛性测试,收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得,这 ...

老师,您好,               

                 请问截断能测试和k点测试可以用primitive cell吗?   

                  此外,MS可以自动生成K点,对于相同物质和结构,使用QE计算时,是否可以借用MS产生的K点呢?

风飞 发表于 Post on 2020-7-23 03:28:36
卡开发发 发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说,建议还是做一下收敛性测试,收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得,这 ...

那请问老师您推荐的建模软件是?

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卡开发发 + 1 哪个顺手用哪个

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风飞 发表于 Post on 2020-7-23 00:54:20
卡开发发 发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说,建议还是做一下收敛性测试,收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得,这 ...

嗯,好的,谢谢老师
卡开发发 发表于 Post on 2020-7-23 00:38:38
风飞 发表于 2020-7-22 22:55
1. 我的体系是MgAl2O4,属于面心晶胞  FD-3M系, 晶格常数是8.0831, 请问使用gamma 可以吗?
2. 您的意 ...

1、这个不能用经验去说,建议还是做一下收敛性测试,收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得,这样在构型优化的时候才能比较稳定地进行。
2、保证计量比,足够的层高,以及调整到你需要研究的终端,在这个基础上,最终原子数、原子坐标、晶格参数一样,你通过何种方式操作都无所谓。
3、BURAI建模很一般,只是提供一个选择的参考,你可以通过其他程序建模,存成cif,然后用BURAI打开设置参数,岂不美哉?或者一部分也可以文本编辑,这方面完全可以灵活一些。
风飞 发表于 Post on 2020-7-22 22:55:39
本帖最后由 风飞 于 2020-7-22 23:01 编辑
卡开发发 发表于 2020-7-22 22:31
原则上应该进行修改,不过也得看你的体系,比如晶格特别大,而且也不是金属,可能去gamma就行。
模型上 ...

1. 我的体系是MgAl2O4,属于面心晶胞  FD-3M系, 晶格常数是8.0831, 请问使用gamma 可以吗?
2. 您的意思是,不管采用什么方式建模,着重关注计量比和终端,条条大路通罗马,只要计量比和终端一样,怎样建模都可以是吗?当然还得考虑计算机是否算的动
3,使用BURAI搭建了一个晶胞的表面,然后在其表面增加一个分子,例如苯, 我试了一下,不可以用复制粘贴的方法,只能一个一个的添加原子,在连成一个苯,可以这样搭出的苯构型很不好,请问老师是否有其他简单的方式呢?
卡开发发 发表于 Post on 2020-7-22 22:31:29
本帖最后由 卡开发发 于 2020-7-22 22:41 编辑
风飞 发表于 2020-7-22 22:25
使用BURAI建模得出的输入文件,使用K点,默认用的是   K_POINTS {gamma}    ,请问我们在进行优化的时候 ...

原则上应该进行修改,不过也得看你的体系,比如晶格特别大,而且也不是金属,可能去gamma就行。
模型上我觉得要看计量比以及暴露的终端。
风飞 发表于 Post on 2020-7-22 22:25:00
卡开发发 发表于 2020-7-22 20:29
严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化,比如拟合EOS的情况需要恒定体积,但晶胞 ...

使用BURAI建模得出的输入文件,使用K点,默认用的是   K_POINTS {gamma}    ,请问我们在进行优化的时候是否需要对其进行指定呢?
卡开发发 发表于 Post on 2020-7-22 20:29:38
风飞 发表于 2020-7-22 19:55
谢谢老师,您说的cell_dofree 关键字,我正在查,网有些慢,我大概总结了您的意思:
1. 对 ...

严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化,比如拟合EOS的情况需要恒定体积,但晶胞的形状原则上还是应该优化的。

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