您好，请问您最后怎么产生的itp文件，谢谢您

sobereva 发表于 2020-7-23 00:35
pdb2gmx即可。公社论坛首页google框搜索 pdb2gmx 聚合物 就能搜到，之前论坛里有很多讨论。

谢谢老师，我再好好看看

Minnie 发表于 2020-7-23 00:32
谢谢老师解答，是我想的太简单了。
想再次请问老师，我做的聚合物晶胞里大概有3000原子（由一种重复单元 ...

pdb2gmx即可。公社论坛首页google框搜索 pdb2gmx 聚合物 就能搜到，之前论坛里有很多讨论。

sobereva 发表于 2020-7-22 18:23
在gmx里跑关键是你得能得到与之对应的分子的itp文件，能得到就能跑
跨周期的比较麻烦。你可以先构造分子单 ...

谢谢老师解答，是我想的太简单了。
想再次请问老师，我做的聚合物晶胞里大概有3000原子（由一种重复单元构成，即AAAA...），力场OPLSAA，用什么方法能够比较好的转化或者构建成拓扑文件呢。

在gmx里跑关键是你得能得到与之对应的分子的itp文件，能得到就能跑
跨周期的比较麻烦。你可以先构造分子单体，然后用packmol建盒子，这样分子都在盒子里面。