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液液两相体系NPT系综压力问题

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孙宝刚

发布时间: 2020-7-28 14:32

正文摘要:

我对液液两相体系做的NPT系综的npt.mdp文件如下设置压力为1bar（保持xy面积不变）。进行了1ns模拟，但是最终pressure.xvg显示压力在-500左右，这是什么原因请老师指点。 title & ...

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孙宝刚 发表于 Post on 2020-7-28 18:07:03

loading 发表于 2020-7-28 17:04
我也做过保持xy方向大小不变，在z方向用npt压缩到合理密度。
我觉得你可以分别输出xyz三个方向的压力看一 ...

找到原因了，z方向压缩系数不知道怎么设成4.5e-10了，导致盒子不压缩P保持不变，相当于做了个NVT

loading 发表于 Post on 2020-7-28 17:04:08

我也做过保持xy方向大小不变，在z方向用npt压缩到合理密度。
我觉得你可以分别输出xyz三个方向的压力看一下。因为限制了xy方向，可能x和y方向没有压缩到位，也就是说x和y方向的压力不一定会接近1bar，可能是某负值。但是z方向会接近1bar，而三个方向压力取平均的结果就是你现在看到的-500。
另外我发现，保持xy方向不变，z方向用npt压缩的时候，往往体系得不到实际的合理密度，总觉得限制两个方向的npt这个方式不是很合理，期待大佬解答

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