angervlf 发表于 2023-6-10 16:58
老师，你好，我想请问一下，我想在oplsaa力场下使用这个CO2的itp文件，只需要将它include到我的top文件下 ...

CO2根本不牵扯1-4作用，没fudgeLJ、fudgeQQ、gen-pairs的事。至于comb-rule的兼容性，如果你能搜到有像样的文章将EPM2的CO2和OPLS-AA结合使用，那就可以

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师，你好，我想请问一下，我想在oplsaa力场下使用这个CO2的itp文件，只需要将它include到我的top文件下，而不需要管comb-rule        gen-pairs        fudgeLJ        fudgeQQ这些参数的设置嘛？

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

请问老师，您写的这个CO2力场，可以在amber力场下用吗

牧生 发表于 2021-8-30 11:34
请教一下，2楼这个基于EPM2参数的CO2的itp有对应的使用力场吗？
如果模拟二氧化碳和水溶液的混合体系，希 ...

对AMBER是如此
[atomtypes]里的内容记得放到合适的位置以满足GROMACS对字段顺序的要求

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

请教一下，2楼这个基于EPM2参数的CO2的itp有对应的使用力场吗？
如果模拟二氧化碳和水溶液的混合体系，希望使用amber力场或者opls力场，或者gromos力场，都是直接include这个itp就可以了吗？

sobereva 发表于 2021-7-13 14:12
all-bonds
但这会把体系里所有键都约束，而不限于CO2

谢谢sob老师

xjp1127721434 发表于 2021-7-12 22:25
请问sob老师，跑动力学的时候，在mdp里面要怎样设置constraints来约束CO2的键长和键角呀

all-bonds
但这会把体系里所有键都约束，而不限于CO2

只约束CO2需要改CO2的[moleculetype]

sobereva 发表于 2020-12-1 16:29
把我的itp文件恰当include到主top文件

请问sob老师，跑动力学的时候，在mdp里面要怎样设置constraints来约束CO2的键长和键角呀

narroto 发表于 2021-6-23 16:21
老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了

google搜O3的动力学模拟文章，肯定能找到参数

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了

sobereva 发表于 2021-4-14 07:15
是

好嘞，谢谢sob老师

xjp1127721434 发表于 2021-4-13 16:13
好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NV ...

是

sobereva 发表于 2021-4-12 09:12
跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NVT就好了嘛？

跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

事先做CO2分子的优化都没必要。如果开了约束，MD跑起来后键长自动保持为平衡键长了

跑超临界CO2应当用NVT，而不是NPT。想模拟什么密度的情况，在特定大小的盒子里就用packmol塞多少分子