求助向体系加入LU离子报错

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发布时间: 2020-7-29 22:51

我从参考文献中获得了LU离子的参数，修改了ffnonbond.itp和ions.itp后进行em时报错，请老师指点是哪里的问题。参考文献参数，以及ffnonbonds.itp的修改如下图。

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sobereva 发表于 Post on 2020-7-31 01:42:57

孙宝刚发表于 2020-7-30 09:22
老师我试着将LU离子换为NA离子可以正常运行，是不是LU离子参数设置有问题，LU的ε为负，而文件其他参数 ...

可能是文献里对epsilon用的正负号习俗和gmx不同

孙宝刚 发表于 Post on 2020-7-30 09:22:01

sobereva 发表于 2020-7-30 00:18
ffnonbonded.itp没显著问题
简化体系、调整mdp参数，反复尝试，总能弄清楚

老师我试着将LU离子换为NA离子可以正常运行，是不是LU离子参数设置有问题，LU的ε为负，而文件其他参数都是正值。请老师指点

sobereva 发表于 Post on 2020-7-30 00:18:53

ffnonbonded.itp没显著问题
简化体系、调整mdp参数，反复尝试，总能弄清楚

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