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求助:ORCA4.2.1-openmpi3.1.4调用库文件出错

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发布时间: 2020-8-7 16:39

正文摘要:

按照sob大神教程安装了新版的openmpi 3.1.4 和ORCA 4.1.2 动态库版 $ which mpiexec ~/apps/openmpi314/bin/mpiexec $ mpiexec -V mpiexec (OpenRTE) 3.1.4 Report bugs to http://www.open-mpi.org/comm ...

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thanhtam 发表于 Post on 2020-8-8 15:43:39
nunup5 发表于 2020-8-7 20:33
感谢回复之前是用intel mpi,在bashrc里注释以后,可以显示当前的mpi版本是openmpi 3.1.4

bashrc看起来没有什么问题,如果echo环境变量的结果还不对的话,可能是犯了什么别的错误吧……

反正要改到echo结果正确为止
thanhtam 发表于 Post on 2020-8-8 15:37:41
本帖最后由 thanhtam 于 2020-8-8 15:40 编辑
nunup5 发表于 2020-8-8 15:21
感谢回复
这个没有说清楚哦抱歉!
find命令是在另外一台机器上试的,这台上面出现两个路径,所以想问问 ...

这说明机器里有两个mpi。前一个可能是系统自带的,通常是openmpi,不过版本不一定符合要求。系统自带的不需要你设置环境变量,直接就能用。但是如果不想用这个,要在环境变量中保证自己安装的openmpi比这个优先级高。

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nunup5 发表于 Post on 2020-8-8 15:21:47
zjxitcc 发表于 2020-8-7 20:48
你用find查找的时候,库在/home/inspur/software/openmpi314/lib/libmpi.so.40,
然而你的环境变量写的 ...

感谢回复
这个没有说清楚哦抱歉!
find命令是在另外一台机器上试的,这台上面出现两个路径,所以想问问是不是要把两个路径全部在环境变量里指认。
1楼的find结果跟环境变量里指认的是一致的。
万里云 发表于 Post on 2020-8-8 12:42:12
像这种需要依赖额外MPI环境的软件,直接用Environment Modules软件管理环境变量吧。改~/.bashrc太麻烦了。
hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-8-8 09:48:35
nunup5 发表于 2020-8-7 20:33
感谢回复之前是用intel mpi,在bashrc里注释以后,可以显示当前的mpi版本是openmpi 3.1.4

注释以后要重新登录一下,source可能没用
zjxitcc 发表于 Post on 2020-8-7 20:48:27
nunup5 发表于 2020-8-7 17:11
我在另一台机器上试了下,也是一样的报错信息。
但发现这个库文件libmpi.so.40存在于两个路径下
# find / ...

你用find查找的时候,库在/home/inspur/software/openmpi314/lib/libmpi.so.40,
然而你的环境变量写的路径是/home/xiem/apps/openmpi314/lib
abin 发表于 Post on 2020-8-7 18:31:30
六楼基本提供了解决方案。
thanhtam 发表于 Post on 2020-8-7 17:29:00
总之你要想办法让 echo $LD_LIBRARY_PATH的结果是对的

bashrc截图看看?
nunup5 发表于 Post on 2020-8-7 17:11:30
我在另一台机器上试了下,也是一样的报错信息。
但发现这个库文件libmpi.so.40存在于两个路径下
# find / -name "libmpi.so.40"
/usr/local/lib/libmpi.so.40
/home/inspur/software/openmpi314/lib/libmpi.so.40
我把系统默认的这个lib路径也在环境变量里指认了,然并卵
nunup5 发表于 Post on 2020-8-7 17:08:46
thanhtam 发表于 2020-8-7 17:04
修改环境变量之后source或重新登录了吗

恩,这个是肯定的
thanhtam 发表于 Post on 2020-8-7 17:04:20
修改环境变量之后source或重新登录了吗
nunup5 发表于 Post on 2020-8-7 16:49:52
是不是我openmpi没装好?
因为在命令行里输入echo $LD_LIBRARY_PATH是这样的
$ echo $LD_LIBRARY_PATH
/home/xiem/apps/g09/g09/:/home/xiem/apps/g09/g09/gv/lib:/home/xiem/apps/orca421
没有环境变量里指定的openmpi的lib路径的!

可是这要怎么办呢?

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