lqhenwunai 发表于 2020-8-13 09:33
谢谢！我试一下。顺带问一下，是不是gromacs自带的后处理工具最丰富？相比其它软件较少需要自写脚本？

多数情况能靠gmx自带的工具解决，但针对具体问题、不常见情形，需要比较灵活的分析时仍不可避免需要自己写脚本

k64_cc 发表于 2020-8-12 09:00
应该是(-^2)而不是。他原文假设了系统总偶极矩平均为0，但是你轨迹的平均不见得为0，不妨试一下。

另外 ...

谢谢！我重新算一下。谢谢！

sobereva 发表于 2020-8-12 08:09
我对DL_POLY不清楚，但用GROMACS算这个非常简单，直接用自带的后处理工具gmx current就能给出来，而且速度 ...

谢谢！我试一下。顺带问一下，是不是gromacs自带的后处理工具最丰富？相比其它软件较少需要自写脚本？

应该是(<M^2>-<M>^2)而不是<M^2>。他原文假设了系统总偶极矩平均为0，但是你轨迹的平均不见得为0，不妨试一下。

另外，水的介电常数大概需要3ns以上的data才能收敛。G A Voth的SPC/Fw文章里做了这个测试，可以看一下。

TIP3P倾向于高估介电常数，如果拿到大于100的数据反而正常，但是1.7肯定是有问题的。

我对DL_POLY不清楚，但用GROMACS算这个非常简单，直接用自带的后处理工具gmx current就能给出来，而且速度远比DL_POLY快得多得多得多

另外，TIP3P对于介电常数描述不理想，OPC表现最佳，而另一个常用的SPC/E也比TIP3P强。

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