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使用MolAICal计算纳米管和蛋白质孔道半径的教程

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MolAICal

发布时间: 2020-8-12 00:48

正文摘要:

本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-2 23:15 编辑使用MolAICal计算纳米管和蛋白质孔道半径的教程更多教程（含英文教程）请见如下：MolAICal官方主页：https://molaical.github.ioMolAICal中文博客：https://molai ...

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ZZZephyr 发表于 Post on 6 day ago

你好，请问我在DOS输入计算半径指令时显示“此应用无法在你的电脑上运行”是什么问题呀？版本不兼容吗

MolAICal 发表于 Post on 2024-2-7 16:24:23

zuozuo 发表于 2024-2-2 22:14
3.2. 蛋白孔道半径计算
转至教程所在目录下：
#> cd 005-radiiCal/KcsA

你看一下这个链接：https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/005-radiiCal/KcsA 或者 https://gitee.com/molaical/tutorials/tree/master/005-radiiCal/KcsA 你可能下错压缩包，或者没有下载完全，parameter.dat就在里面啊，你在检查一下。实在不行，你加一下MolAICal讨论的QQ群 1151656349，我传给你

zuozuo 发表于 Post on 2024-2-2 22:14:08

3.2. 蛋白孔道半径计算
转至教程所在目录下：
#> cd 005-radiiCal/KcsA
在蛋白通道中选择任意点，然后在参数文件“parameter.dat”中，将参数“cpoint”设置成为所选点的坐标。按照下文所示设置参数“cpoint”和“vector”：
-----------------------------------------------------------------
cpoint 0.001 0.006 1.927

您好，请问在计算蛋白通道半径的时候，“转至教程所在目录下：#> cd 005-radiiCal/KcsA”和参数文件“parameter.dat”在哪里可以找到呀，我下载出来的压缩包里没有这些文件

MolAICal 发表于 Post on 2021-11-10 15:37:45

Eva_Winter 发表于 2021-8-16 22:00
请问下，对于非对称的蛋白，孔道每个位置的横截面形状都不一样，也可能不是圆，那么这里的半径值是将孔道近 ...

近似值，采取蒙特卡洛退火模拟的算法获取最优值

MolAICal 发表于 Post on 2021-10-17 02:16:08

amber菜鸟发表于 2021-8-28 11:16
非常Nice的软件，请问这款软件在windos环境下如何安装呢？搜了很多发现教程非常详细，但是安装教程确一致没 ...

windows下直接解压就可以用，不需要安装
安装的方式看一下这个： https://molaical.gitee.io/install.html

amber菜鸟 发表于 Post on 2021-8-28 11:16:00

非常Nice的软件，请问这款软件在windos环境下如何安装呢？搜了很多发现教程非常详细，但是安装教程确一致没有找到。

Eva_Winter 发表于 Post on 2021-8-16 22:00:42

请问下，对于非对称的蛋白，孔道每个位置的横截面形状都不一样，也可能不是圆，那么这里的半径值是将孔道近似为圆得到的值吗？还是取的孔半径最小值？

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