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求助Martini力场itp参数不理解请赐教

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发布时间: 2020-8-12 17:30

正文摘要:

本人新手玩家,目前在学习粗粒化,但看到这个教程时: 原文链接http://cgmartini.nl/index.php/tu ... g-new-molecule-gmx5 以下内容为我找到的DPGS的itp文件,由于才疏学浅,里面有一些参数我完全不知道来 ...

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freemangran 发表于 Post on 2020-8-17 11:04:11
sobereva 发表于 2020-8-17 09:15
function type
仔细看gmx手册介绍拓扑文件的部分,都说了

谢谢老师,我再仔细阅读一下那个部分。
sobereva 发表于 Post on 2020-8-17 09:15:16
freemangran 发表于 2020-8-14 09:34
找到了另外一个文献的附加信息,说得更详细,但是那个funct没了解是什么意思,查了gromacs的手册也没有找到 ...

function type
仔细看gmx手册介绍拓扑文件的部分,都说了
freemangran 发表于 Post on 2020-8-14 09:34:06
找到了另外一个文献的附加信息,说得更详细,但是那个funct没了解是什么意思,查了gromacs的手册也没有找到详细的说明。
[bonds]
; i j funct length force.c.
1 2 1 0.47 1250
2 3 1 0.47 1250
3 4 1 0.47 1250
4 5 1 0.47 1250
[angles]
; i j k funct angle force.c.
1 2 3 2 180.0 25.0
2 3 4 2 180.0 25.0
3 4 5 2 180.0 25.0

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