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求助-如何计算pt催化的油酸加成反应的过渡态及能垒

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发布时间: 2020-8-12 18:26

正文摘要:

我想通过gaussian 09w和gaussview计算铂催化的油酸(含有一个双键的18碳脂肪酸)的氢化反应。目前已经完成结构的优化和频率分析,想对过渡态和反应能垒进行分析,但是不知道接下来该如何做,求大神指点。1、我该如何画 ...

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Fiee 发表于 Post on 2020-8-18 13:13:01
wzkchem5 发表于 2020-8-17 11:16
我觉得油酸截断到顺式-3-己烯问题不大,然后就可以用平面波程序算了。需要注意的是表面氢原子的覆盖度问 ...

我以前以为是几个铂和氢就可以计算,现在才知道要考虑团簇和覆盖度的问题,我想做的是单稀酸的氢化,就一个双键应该比较简单。文献方面,由于我不是学化学的,没见过相似的文献,如果您有看到还请分享!非常感谢
Fiee 发表于 Post on 2020-8-18 13:09:00

感谢感谢
wzkchem5 发表于 Post on 2020-8-17 18:00:43
喵星大佬 发表于 2020-8-17 12:43
这个还没查过,不过讲道理,这样截断的话你要说羧基和金属啥作用没有也不怎么靠谱。另一方面就是Pt表面活 ...

但是起码比团簇模型靠谱了,团簇模型你也不可能搞个大到可以够到那个羧基的团簇。。。
喵星大佬 发表于 Post on 2020-8-17 12:43:50
wzkchem5 发表于 2020-8-17 11:16
我觉得油酸截断到顺式-3-己烯问题不大,然后就可以用平面波程序算了。需要注意的是表面氢原子的覆盖度问 ...

这个还没查过,不过讲道理,这样截断的话你要说羧基和金属啥作用没有也不怎么靠谱。另一方面就是Pt表面活性更高的应该是各种缺陷/突出之类的,这种很难考虑好。Pt这么重的原子算起来也是很费劲
wzkchem5 发表于 Post on 2020-8-17 11:16:31
喵星大佬 发表于 2020-8-14 23:08
主要是暴露的表面还有晶形可能不一样,要看怎么处理。
你这个在表面上反应的分子不小,固体的原子也不好 ...

我觉得油酸截断到顺式-3-己烯问题不大,然后就可以用平面波程序算了。需要注意的是表面氢原子的覆盖度问题,Pt表面光秃秃的只有一两个吸附氢原子可能不太现实,有可能已经吸附了一层或半层氢原子。
另外这么重要且基础的反应,没准已经有文献算过了吧
hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-8-17 10:18:40
Fiee 发表于 2020-8-17 09:06
你好,我想请教一下高斯怎么设置冻结原子呢

http://sobereva.com/404
Fiee 发表于 Post on 2020-8-17 09:06:05
hebrewsnabla 发表于 2020-8-13 22:42
文中用到orca的部分用gaussian代替没有问题,方法基组都给了。

你好,我想请教一下高斯怎么设置冻结原子呢
Fiee 发表于 Post on 2020-8-17 08:53:54
喵星大佬 发表于 2020-8-14 23:08
主要是暴露的表面还有晶形可能不一样,要看怎么处理。
你这个在表面上反应的分子不小,固体的原子也不好 ...

哦哦,我刚开始以为就用一个pt原子就可以表示催化剂呢,我这个是111晶型,我想能不能简化呢,我对计算的精度要求不是很高,只要就是看一下反应能垒和过渡态
喵星大佬 发表于 Post on 2020-8-14 23:08:18
Fiee 发表于 2020-8-14 11:58
是Pt/C,我以为只是计算铂呢,C只是一个载体,也要画出来吗?我不是学化学的,很懵,麻烦你了

主要是暴露的表面还有晶形可能不一样,要看怎么处理。
你这个在表面上反应的分子不小,固体的原子也不好算,不管是扣个团簇出来还是用平面波程序处理都很不好整
Fiee 发表于 Post on 2020-8-14 11:59:17
hebrewsnabla 发表于 2020-8-13 22:42
文中用到orca的部分用gaussian代替没有问题,方法基组都给了。

哦哦,我以为是不一样的呢,谢谢你
Fiee 发表于 Post on 2020-8-14 11:58:49
喵星大佬 发表于 2020-8-13 22:33
所以你要算的反应,具体是用什么催化,是Pt黑?Pt/C?PtO2?还是均相的配合物?啥都不说别人怎么可能知道 ...

是Pt/C,我以为只是计算铂呢,C只是一个载体,也要画出来吗?我不是学化学的,很懵,麻烦你了
hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-8-13 22:42:45
Fiee 发表于 2020-8-13 20:18
sob老师,我用gaussview该怎么做团簇呢,有没有推荐的资料,我看你发的那个是其他软件的。谢谢老师

文中用到orca的部分用gaussian代替没有问题,方法基组都给了。
喵星大佬 发表于 Post on 2020-8-13 22:33:01
Fiee 发表于 2020-8-13 14:38
见笑了,外行人实在是不明白,需要怎么改进还请指点,感谢

所以你要算的反应,具体是用什么催化,是Pt黑?Pt/C?PtO2?还是均相的配合物?啥都不说别人怎么可能知道你要算的是啥
Fiee 发表于 Post on 2020-8-13 20:18:16
sobereva 发表于 2020-8-13 08:21
1 至少得用一个Pt团簇才能描述Pt金属
什么叫团簇参考
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题

sob老师,我用gaussview该怎么做团簇呢,有没有推荐的资料,我看你发的那个是其他软件的。谢谢老师

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