一个用户名 发表于 2022-1-20 00:15 好的，感谢建议。 |
MolAICal 发表于 2022-1-6 15:36 感谢回复！经过测试，我发现是分子活性的列名中有空格，因此在读入数据的时候出现了窜列的问题，将列名中的空格删除后就一切正常了。不过我觉得，MolAICal将空格也识别为分隔符可能是不太合适的，所以我建议读入时只将制表符视作分隔符，您可以考虑一下。 |
本帖最后由 MolAICal 于 2022-1-6 15:55 编辑 一个用户名 发表于 2022-1-5 20:07 您好！您的意思是，用A数据集进行训练，然后在用A数据集通过QSAR的线性模型计算A数据集的活性，然后对不上A数据集原始的活性值吗？ 如果是：首先，QSAR模型预测A数据集的值跟真实值有一定的差距，同时，你还要把Q^2这个值训练到 >0.8，甚至 > 0.9，才会预测更好。 其次，QSAR和目前的深度学习，特别依赖数据集，如果你已有非训练集、验证集和测试集的数据，想进行测试，可以少量放入QSAR中进行拟合，然后在进行泛化推广。。不然使用其它数据集，它可能跟你目前想测的数据集性质不同，而导致模型泛化能力很差 |
你好，我在使用MolAICal进行QSAR建模时，发现拟合结果无法重复。如图，MolAICal显示拟合结果良好
然而，我自行将分子的数据代入线性模型后，发现拟合效果非常不佳
请问这种情况如何解决呢？谢谢！输入文件和模型输出文件如下 
descriptors-v1-DRAGON.txt
(269.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
QSAROutFile-1.5.dat
(11.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
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comboy2008 发表于 2020-8-31 10:25 是，pkd就是要回归的Y值 |
本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-1 00:31 编辑 comboy2008 发表于 2020-8-31 10:25 谢谢提醒，准备修改，后期会加入各种算法，谢谢建议。目前DRAGON很不错，虽然停止开发了。可用的有 PaDEL-descriptor，shrodinger等，很多性质可以自己算。 |
| 另外DRAGON是商业软件，国内购买的人不是多，软件到7.0之后，已经停止开发了。“Dragon has been discontinued. If you currently own a Dragon license and need technical support, please contact us at the chm@kode-solutions.net email address.”，楼主认为哪些开源软件在计算分子描述符方面比较好用？ |
| pKd就是要回归的Y值？hyperchem的分子文件格式应该为hin而非bin，软件在参数筛选算法上只有遗传算法吗？能否考虑加入其它算法，比如深度神经网络，XGboost等等？ |
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