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求助 gromacs 水盒子能量最小化问题及一些初级使用问题

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lqhenwunai

发布时间: 2020-8-13 16:41

正文摘要:

本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-14 15:16 编辑大家好，我想试算300多个水分子的MD。但是在能量最小化这一步似乎有点问题。我的拓扑文件如下： #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" #include "opl ...

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wuzhiyi 发表于 Post on 2020-8-15 03:04:27

lqhenwunai 发表于 2020-8-14 15:16
您好，不好意思再请教一下，我现在是392个水分子在300K下nvt系综下跑，之后又续跑到50000ps。但是总能量 ...

我觉得挺怪的50ns早该平衡了不过我一般搞npt 搞不好nvt比较慢

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-14 09:40:55

wuzhiyi 发表于 2020-8-13 23:30
你这不是能量曲线啊？是virial在YY轴上的分量

谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2020-8-14 09:30:40

2 自行把手册里各个子程序的介绍过目一遍。

PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班里会把所有常用子程序的基本使用都结合实际应用例子讲一遍，其它的不常用子程序也都会简要提及，不至于有现成的子程序还以为不存在。

3 这种做法毫无意义。把-h显示的解释看一遍，把常用的、对自己有用的在记事本里记下来就完了

wuzhiyi 发表于 Post on 2020-8-13 23:30:59

你这不是能量曲线啊？是virial在YY轴上的分量

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