常见问题这里都说了，建议完整过目一遍
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

Q68：绘制出来的平面图里面的内容是歪着的，或者感兴趣的区域不在图像的中央，怎么解决？
A：一种做法是在定义作图平面的时候恰当定义，结合上文的示意图，恰当选择三个原子或者输入三个恰当的点。还一种做法是先尝试绘制一次，记录下歪斜的角度和偏离中心的程度，然后在重新绘制的时候在定义作图平面时设定旋转角和平移量，详见此贴的示例：http://bbs.keinsci.com/thread-11037-1-1.html。如果你并不需要坐标轴的话，最简单的方法是通过ps等程序直接把图像中需要的部分抠出来，然后旋转一下就完了。