华理小妮 发表于 2020-8-29 23:11
sober老师，我在用gaussian软件在氯仿溶剂下对这两个分子的复合物进行结构优化的时候，最终的复合物构型 ...

氯仿下做MD时，两部分的拓扑文件都以中性状态来构建

sobereva 发表于 2020-8-28 04:06
氯仿的情况羧基不会脱质子，氨基也不会结合质子

sober老师，我在用gaussian软件在氯仿溶剂下对这两个分子的复合物进行结构优化的时候，最终的复合物构型就是存在了质子解离的情况，但是您说经典力场模拟体现不出这一点，您建议让体系当成阴阳离子，但是阴阳离子和实际的情况不相符，因为氯仿的情况羧基不会脱质子，氨基也不会结合质子。

华理小妮 发表于 2020-8-20 18:02
sober老师，您建议在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑，可是考虑到我模拟的溶剂环境是氯仿，这样的话当成 ...

氯仿的情况羧基不会脱质子，氨基也不会结合质子

sobereva 发表于 2020-8-17 11:56
显然是

sober老师，您建议在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑，可是考虑到我模拟的溶剂环境是氯仿，这样的话当成阴阳离子和实际的情况好像不相符，不知道是不是我理解错您的意思了。

华理小妮 发表于 2020-8-17 10:28
sober老师，您建议的让体系当成阴阳离子来考虑，这与原来的区别在哪呢，是小分子top文件的区别吗？

显然是

sobereva 发表于 2020-8-17 08:24
结合具体结构进行分析。本身热运动就会明显破坏氢键。并且量化优化的结构中质子转移很明显，经典力场的动力 ...

sober老师，您建议的让体系当成阴阳离子来考虑，这与原来的区别在哪呢，是小分子top文件的区别吗？

结合具体结构进行分析。本身热运动就会明显破坏氢键。并且量化优化的结构中质子转移很明显，经典力场的动力学模拟体现不出这点，可考虑在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑。

sobereva 发表于 2020-8-16 11:45
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

sober老师，不好意思，我刚才修改了一下问题，请您再帮我看一下谢谢，我报名了gromacs的初级培训班，想去北京问您呢，但是学校不让去，只能靠您发的讲义学习了。

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“gromacs 模拟有机小分子预组装过程”改了，以后务必注意

发图的时候要解释清楚每张图的含义，别让别人猜

用了gen的时候，说清楚到底用了什么基组

最后也没说清楚GROMACS模拟出来的是什么样

你先检查一下第三个结构有没有proton transfer吧，要是羧基氢转移了，那MD里的模型就不太好办了。