求助水盒子nvt平衡问题

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发布时间: 2020-8-16 11:07

本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-16 11:15 编辑大家好，正在学习使用gromacs。请问一下，我现在是392个水分子在300K下nvt系综下跑，用的是tip3p力场。之后又续跑到100ns。但是总能量还是显示没有收敛。请问这样 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-8-16 11:50:39

lqhenwunai 发表于 2020-8-16 11:25
将来我是要在给定体积下进行模拟，所以需要固定体积。

你也得先平衡了才能做NVT模拟，盒子大小都不合适，做NVT有什么意义？
如果你就是想模拟给定体积的盒子下的情况，发帖时就必须明确说清楚。

另外，模拟纯水属性不要用tip3p这种严重过时的水模型，发文章等着挨批。

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-16 11:37:39

jimulation 发表于 2020-8-16 11:17
NPT用来把体系的密度调整到相对合理，你贴出的mdp应该就是这个阶段的，200ps

好的。谢谢。我试一下。

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-16 11:25:06

sobereva 发表于 2020-8-16 11:16
用NVT完全莫名其妙
若无特殊情况一律用NPT，不控压盒子怎么自发调节到合适？
水盒子这么简单的体系跑个几 ...

将来我是要在给定体积下进行模拟，所以需要固定体积。

jimulation 发表于 Post on 2020-8-16 11:17:32

lqhenwunai 发表于 2020-8-16 11:15
谢谢。不过NPT是不是更不容易平衡？

NPT用来把体系的密度调整到相对合理，你贴出的mdp应该就是这个阶段的，200ps

sobereva 发表于 Post on 2020-8-16 11:16:54

用NVT完全莫名其妙
若无特殊情况一律用NPT，不控压盒子怎么自发调节到合适？
水盒子这么简单的体系跑个几百ps就足够充分平衡了。

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-16 11:15:04

jimulation 发表于 2020-8-16 11:10
预平衡阶段改用NPT试试？

谢谢。不过NPT是不是更不容易平衡？

jimulation 发表于 Post on 2020-8-16 11:10:30

预平衡阶段改用NPT试试？

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