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求助 npt水盒子模拟问题

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lqhenwunai

发布时间: 2020-8-17 16:36

正文摘要:

大家好，正在学习使用gromacs。请问一下，我现在是370个水分子在300K下npt系综下跑，用的是tip4p力场,盒子大小是2.2*2.2*2.2。总共跑了3ns，但是总能量是上升的。查看npt.gro文件，看起来盒子也没有散掉。请问是哪里 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-8-28 05:08:46

lqhenwunai 发表于 2020-8-18 10:26
谢谢！请问这样写合理吗？对于一个普通的npt来说
; Temperature coupling is on
tcouple=Berendsen

控压必须指定可压缩系数
如果是液体、固体，一般就设标况下水的值

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-18 10:26:38

sobereva 发表于 2020-8-18 09:22
是

谢谢！请问这样写合理吗？对于一个普通的npt来说
; Temperature coupling is on
tcouple=Berendsen
ref_t  =300
tau_t  =0.1                ;time constant in ps
; Pressure coupling is on
pcouple=Berendsen
tau_p  =0.1
pcoupletype=isotropic
ref_p  =1                ; in bar

请外请问需要指定compressibililty吗？如果需要，怎么确定相应的值呢？

sobereva 发表于 Post on 2020-8-18 09:22:45

lqhenwunai 发表于 2020-8-18 09:15
谢谢。我是照着tutorial里的内容改的，然后把不相关的给注释掉。请问压浴和热浴的关键词是哪个？是通过tc ...

是

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-18 09:15:34

sobereva 发表于 2020-8-17 20:10
mdp里根本都没体现压浴和热浴设定，显然不是NPT。模拟过程由于非键作用计算误差的累积，导致体系能量不断变 ...

谢谢。我是照着tutorial里的内容改的，然后把不相关的给注释掉。请问压浴和热浴的关键词是哪个？是通过tcoupl和pcoupl指定么？

sobereva 发表于 Post on 2020-8-17 20:10:20

mdp里根本都没体现压浴和热浴设定，显然不是NPT。模拟过程由于非键作用计算误差的累积，导致体系能量不断变化

lqhenwunai 发表于 Post on 2020-8-17 19:48:55

wuzhiyi 发表于 2020-8-17 17:04
这是NVE吧既不控温也不控压

谢谢。请问应该是怎么设置呢？我是根据tutorial自己改的，并不确定是否改的正确。

wuzhiyi 发表于 Post on 2020-8-17 17:04:49

这是NVE吧既不控温也不控压

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