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如何在gromacs结果分析中得到CDF(combined distribution function)?

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发布时间: 2020-8-17 16:54

正文摘要:

在有机小分子的MD文献中我看到在分析完RDF后会接着分析CDF(combined distribution function),能够得到如下图所示的图,下图是文献中关于讨论阴离子[DMP]-和甲醇分子的氧原子之间的CDF图,想请教老师如何得到这个 ...

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小小学习者 发表于 Post on 2024-4-9 15:54:21
Jotaro 发表于 2024-4-8 16:18
gp文件是gnuplot的绘图文件,windows安装gnuplot之后将gp文件的打开方式改为gnuplot,然后双击就会自动在 ...

好的,万分感谢。刚刚试试了下,可以双击啦。
Jotaro 发表于 Post on 2024-4-8 16:18:59
小小学习者 发表于 2024-3-28 15:00
大佬,您好!打扰啦,想向您请教一下,最近在学习用travis计算组合分布函数(同样也是两种径向分布函数) ...

gp文件是gnuplot的绘图文件,windows安装gnuplot之后将gp文件的打开方式改为gnuplot,然后双击就会自动在当前文件夹绘图并输出png图片
小小学习者 发表于 Post on 2024-3-28 15:00:09
本帖最后由 小小学习者 于 2024-3-28 15:01 编辑
Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本,安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图,linux忘 ...

大佬,您好!打扰啦,想向您请教一下,最近在学习用travis计算组合分布函数(同样也是两种径向分布函数),也想得到楼主所提的这种图像,最后计算结束之后得到了.gp脚本文件,但是双击之后却打不开,提示window无法打开此文件,没有显示安装运行,请问出现这种情况是不是脚本有问题呀?下图是windows提示和用qtgrace做的图。最后附上得到的.gp文件,这种情况需要怎么去解决呢?万分感激!




cdf_2_rdf[H9r_O1o]_rdf[H9r_O1o].gp (5.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
qiyan 发表于 Post on 2022-11-7 14:55:48
Jotaro 发表于 2022-11-7 14:13
那就将s_zauto设置为0,也就是手动指定上下限,将s_zmax和s_zmin设置为你要设定的最大值和最小值,记得修 ...

非常感谢,成功了。太谢谢您了
Jotaro 发表于 Post on 2022-11-7 14:13:34
qiyan 发表于 2022-11-7 10:11
谢谢大佬,这不是修改图的X坐标最大距离和间距吗。我想统一的是那个能量标尺最大值一致,不同浓度下相同C ...

那就将s_zauto设置为0,也就是手动指定上下限,将s_zmax和s_zmin设置为你要设定的最大值和最小值,记得修改ztics和mztics,这样可以做到不同体系统一颜色标尺最大值和最小值
qiyan 发表于 Post on 2022-11-7 10:11:28
本帖最后由 qiyan 于 2022-11-7 10:22 编辑

谢谢大佬,这不是修改图的X坐标最大距离和间距吗。我想统一的是那个能量标尺最大值一致,不同浓度下相同CDF的这个标尺一致。我现在得到的图,标尺最大值不一样,怎么处理呢

202211071010557777..png (3.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

202211071010557777..png
Jotaro 发表于 Post on 2022-11-4 17:39:59
qiyan 发表于 2022-10-26 16:02
大佬,不太明白。请详细指点一下吧,非常感谢。是生成的.gp文件吗,修改哪里啊。

s_xtics,s_mxtics
qiyan 发表于 Post on 2022-10-26 16:02:13
本帖最后由 qiyan 于 2022-10-26 16:15 编辑
Jotaro 发表于 2022-10-26 14:12
修改gnuplot脚本里面的级别

大佬,不太明白。请详细指点一下吧,非常感谢。是生成的.gp文件吗,修改哪里啊。

202210261615102291..png (123.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

202210261615102291..png
Jotaro 发表于 Post on 2022-10-26 14:12:20
qiyan 发表于 2022-10-25 15:54
大佬,再次打扰一下。审稿人让CDF做出的图统一标尺(不同浓度下的),如何修改Travis生成的脚本文件,达 ...

修改gnuplot脚本里面的级别
qiyan 发表于 Post on 2022-10-25 15:54:29
Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本,安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图,linux忘 ...

大佬,再次打扰一下。审稿人让CDF做出的图统一标尺(不同浓度下的),如何修改Travis生成的脚本文件,达到这个目的呢
qiyan 发表于 Post on 2022-6-16 14:05:35
本帖最后由 qiyan 于 2022-10-25 15:55 编辑
Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本,安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图,linux忘 ...

谢谢大佬,在win版本双击.gp脚本
Jotaro 发表于 Post on 2022-6-15 18:42:15
qiyan 发表于 2022-6-14 19:44
感谢大佬的回答,我在travis上试了一下CDF制作,然后用gromacs打开是这样的,生成的matrix.csv、triples. ...

TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本,安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图,linux忘记怎么用了
neocc 发表于 Post on 2022-6-14 21:06:05
本帖最后由 neocc 于 2022-6-14 21:08 编辑
qiyan 发表于 2022-6-14 19:44
感谢大佬的回答,我在travis上试了一下CDF制作,然后用gromacs打开是这样的,生成的matrix.csv、triples. ...

gnuplot 官方有个demo网站,里面有个等高线绘制案例,不知道能否满足arg文件的要求,画出cdf
http://gnuplot.sourceforge.net/demo_5.4/contours.html
qiyan 发表于 Post on 2022-6-14 19:44:31
Jotaro 发表于 2022-6-13 14:49
TRAVIS简单些不需要自己写脚本,麻烦的地方在于TRAVIS需要pdb格式的轨迹,同时需要gnuplot绘图

感谢大佬的回答,我在travis上试了一下CDF制作,然后用gromacs打开是这样的,生成的matrix.csv、triples.csv和.agr文件怎么处理呢,gnuplot这个软件没用过,导入什么文件进行绘图呢

202206141939378223..png (114.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

202206141939378223..png

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