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MS2018不能够并行运算,该怎么去编写脚本呢?

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发布时间: 2020-8-17 22:12

正文摘要:

今天花了一天时间在服务器上安装好了MS2018,用脚本调用RunCASTEP.sh的方法提交任务,发现能够满核运行,但是实际却没有,算的很慢,测试到大体系的DOS计算的时候直接卡死。 还有一个问题,我在计算小体系的几何优 ...

回复 Reply

wypkdhd 发表于 Post on 2023-1-9 20:16:04
faylovesnow 发表于 2023-1-9 11:08
请问你也是使用gateway方式提交的吗

我整个组都是gateway
faylovesnow 发表于 Post on 2023-1-9 11:08:04
wypkdhd 发表于 2023-1-8 14:14
显示问题,曾经很多次也是这样,不用管,你多用dmol3提几个不同的任务你就知道了。这个正儿八经我测试过 ...

请问你也是使用gateway方式提交的吗
wypkdhd 发表于 Post on 2023-1-8 14:14:42
faylovesnow 发表于 2023-1-7 17:52
你好,我在centos 8.0上安装了ms,gateway测试成功。但是通过win下gateway方式提交任务时,明明可以识别1 ...

显示问题,曾经很多次也是这样,不用管,你多用dmol3提几个不同的任务你就知道了。这个正儿八经我测试过,你也可以试试提八个核,提16个核,做个晶胞opt。当然,我是ms2014+centos7.9 服务器是dell R750 gold 6342 非队列系统。
faylovesnow 发表于 Post on 2023-1-7 17:52:53
1138711019 发表于 2020-8-20 17:09
我这边是用的服务器上的安装教程来配置的,你可以参考一下,
链接:https://pan.baidu.com/s/11XqAnYQ5b ...

你好,我在centos 8.0上安装了ms,gateway测试成功。但是通过win下gateway方式提交任务时,明明可以识别192个核心,但是在linux下top命令发现cpu占用只有100%,一个核心在跑。请问这是怎么回事啊?
如遇古剑 发表于 Post on 2020-8-20 19:04:19
1138711019 发表于 2020-8-20 17:09
我这边是用的服务器上的安装教程来配置的,你可以参考一下,
链接:https://pan.baidu.com/s/11XqAnYQ5b ...

非常感谢你!
1138711019 发表于 Post on 2020-8-20 17:09:02
如遇古剑 发表于 2020-8-20 14:47
你好!请问一下你是怎样配置的configure?能不能告诉我一下?不胜感激。

我这边是用的服务器上的安装教程来配置的,你可以参考一下,
链接:https://pan.baidu.com/s/11XqAnYQ5b0rtpjxxDnM-Vw
提取码:jtw4
如遇古剑 发表于 Post on 2020-8-20 14:47:29
1138711019 发表于 2020-8-18 16:03
感谢老哥,今天重新配置了一下configure,就实现了并行,脚本是没啥问题的

你好!请问一下你是怎样配置的configure?能不能告诉我一下?不胜感激。
1138711019 发表于 Post on 2020-8-18 16:03:49
doublezhang 发表于 2020-8-17 22:36
我有一个天河系统下的提交脚本,给你参考下
#!/bin/bash
#input

感谢老哥,今天重新配置了一下configure,就实现了并行,脚本是没啥问题的
doublezhang 发表于 Post on 2020-8-17 22:36:00
我有一个天河系统下的提交脚本,给你参考下
#!/bin/bash
#input
#source /WORK/app/toolshs/unsetfunc
export LC_ALL=C
export I_MPI_FABRICS=shm:tcp

NUM_NODES=1   #需要使用的节点数#
PROCS_PER_NODE=24  #需要使用的节点核数#
BASENAME=$1
MS_PATH=/THFS/home/xxxx/BIOVIA/MaterialsStudio17.1  #注意此处修改相应的ms版本及安装路径#
NUM_PROCS=`expr $NUM_NODES \* $PROCS_PER_NODE`

yhrun -p xxxx -N $NUM_NODES -n $NUM_NODES hostname > .names.log  #注意修改为对应的分区#

awk -v iPROCS_PER_NODE="$PROCS_PER_NODE" '{print $1":"iPROCS_PER_NODE}' .names.log > ./machines.LINUX
cat .names.log > mpd.hosts
export DSD_MachineList="./machines.LINUX"
export DSD_NumProc=$NSLOTS



#$MS_PATH/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np $NUM_PROCS $BASENAME  注意此处选择作业类型
$MS_PATH/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np $NUM_PROCS $BASENAME

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