搜到了您之前的回答：http://bbs.keinsci.com/thread-17999-1-1.html，才知道这个模块，我去多了解一下。

按照ΔG=ΔH-TΔS，是像您说的那样，距离越远，状态数就越多、熵越大，越利于分子处在远距离的位置上（PMF值随距离增大而减小）。由热二得到的吉布斯自由能描述过程的自发性与方向性，跟相互作用是有区别的。一看曲线平了，不自觉地，就跟相互作用错误地等价了。谢谢您的耐心引导~

15810593730 发表于 2020-9-6 16:16
1）我之前用另一种电荷分布跑了每个窗口20ns的US，结合自由能9kJ/mol都还有±1kJ/mol的涨落，但趋势上仍 ...

不太清楚gmx是怎么做的，一般做自由能计算建议连接Colvars或者Plumed模块
也许那个自由能计算在文章中并不重要，只是捎带算了下

自由能不是衡量相互作用的指标，显然在没有相互作用的情况下距离越远熵越有利，我是不太同意因为某些原因去“校正”一个原本正确的自由能曲线的，当然这是见仁见智的事情，很多情况下目标期刊的读者和审稿人并不是物理化学的专家
对"校正"过后的自由能曲线进行积分是计算不出正确的结合自由能的，除非把熵贡献再乘回去

fhh2626 发表于 2020-9-6 14:46
由于几何熵的影响，这种情况肯定是温度越低结合态越稳定，你的US计算还没有收敛
另外在远处自由能曲线应 ...

1）我之前用另一种电荷分布跑了每个窗口20ns的US，结合自由能9kJ/mol都还有±1kJ/mol的涨落，但趋势上仍旧是温度低的、结合能低，所以有此一问。我再试试更长时间的吧。不知道gmx对于伞形采样该如何续跑？sob老师给的一般的续跑命令，是无法续跑US的。另外，前两天又看到一篇刚发表在langmuir的，体系比我的大、窗口时间还就5ns，连PMF曲线都是弯弯曲曲的，竟然能过审稿人这关？
2）我参考了“Barnett GROMACS教程”，进行了“$2+2*K_B*T*log($1)+constant”的熵修正，所以原本略微下降的趋势，在修正后变平了。我觉得这样才更符合“相距较远则无相互作用”的直觉一点？要不修正，感觉曲线走势会有令人迷惑，并且也不好直接计算出结合自由能是多大。

15810593730 发表于 2020-9-6 10:58
前辈，再请教您一个问题。我brute模拟观察到一对儿小分子在水溶液（无冰）环境下的结合是随温度降低而更 ...

由于几何熵的影响，这种情况肯定是温度越低结合态越稳定，你的US计算还没有收敛
另外在远处自由能曲线应该呈一种略微下降的趋势

fhh2626 发表于 2020-8-23 00:30
我觉得可以先加上约束，不要纠结于熵修正这样的细节，通常这个不会占主导

如果非要修正的话可以参考fu ...

前辈，再请教您一个问题。我brute模拟观察到一对儿小分子在水溶液（无冰）环境下的结合是随温度降低而更稳定的（K随温度增高而降低）。但由伞形采样（每个窗口采样10ns）结果，却发现结合自由能绝对值随温度升高而升高(图贴在了上面）？用公式|ΔG|=|-RT ln(K)|理解的话，US结果我虽然觉得很奇怪，但似乎与brute并不必然矛盾？

15810593730 发表于 2020-8-20 23:31
谢谢您严谨科学的定义与及时的讨论。
1）为了简单起见，我相当于对比的是非冰面上 （A+B）结合态，和冰 ...

我觉得可以先加上约束，不要纠结于熵修正这样的细节，通常这个不会占主导

如果非要修正的话可以参考funnel metadynamics的修正项

fhh2626 发表于 2020-8-20 22:40
"由于冰水界面的存在，一对儿溶质小分子的结合变得更稳定"这个描述比较含糊
比如在水中，结合的过程可以用 ...

谢谢您严谨科学的定义与及时的讨论。
1）为了简单起见，我相当于对比的是非冰面上 （A+B）结合态，和冰面上 （A+B）结合态，从而计算冰面对结合的增强效果。至于过程是，（1）第一个先吸附，然后第二个吸附并配对儿，还是（2）吸附在上面的两个分子，由于相互吸引配对儿，还是（3）配对儿后吸附的概率更高——因为这个是更微观、需要考究的内容，所以我是暂且把这个问题放到一边了。
2）您的思路是（1）单分子的吸附，（2）吸附上的两个分子的聚集吗？对于第二步，我试过了，如果不进行方向约束的话，pmf也比较拐（也按照高温+fix试试）。
3）之前见到过fix+高于熔点的方法。可能这是不是办法的办法了。希望能得到合理的PMF曲线。
另外，如果哪位有关于pmf图解释的文献，希望能分享一下。像这种类似膜上的pmf，读到的文献都没有提到修正，更别说对“分子取向确定”的修正

"由于冰水界面的存在，一对儿溶质小分子的结合变得更稳定"这个描述比较含糊
比如在水中，结合的过程可以用AB(游离) == A(游离) + B(游离)表示
但是在界面上，到底是用
AB(吸附) == A(吸附) + B(吸附)
还是
AB(吸附) == A(游离) + B(游离)
来进行对比，就比较值得思考了

我觉得这不太是一步就能做完的事情，可以考虑分别用重要性采样方法计算
A(吸附) == A(游离)
B(吸附) == B(游离)
AB(吸附) == A(吸附) + B(吸附)

如果你用的模型在低温下会有明显的冰生长的话，可以考虑采用较高的温度，但是将冰的结构fix住